t/ClusterIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 12);
  11
  12         use_ok('Bio::ClusterIO');
  13         use_ok('Bio::Cluster::ClusterFactory');
  14 }
  15
  16 SKIP: {
  17         test_skip(-tests => 8, -requires_module => 'XML::Parser::PerlSAX');
  18
  19         my ($clusterio, $result,$hit,$hsp);
  20         $clusterio = Bio::ClusterIO->new('-tempfile' => 0,
  21                                         '-format' => 'dbsnp',
  22                                         '-file'   => test_input_file('LittleChrY.dbsnp.xml'));
  23
  24         $result = $clusterio->next_cluster;
  25         ok($result);
  26         is($result->observed, 'C/T');
  27         is($result->type, 'notwithdrawn');
  28         ok($result->seq_5);
  29         ok($result->seq_3);
  30         my @ss = $result->each_subsnp;
  31         is scalar @ss,  5;
  32         is($ss[0]->handle, 'CGAP-GAI');
  33         is($ss[1]->handle, 'LEE');
  34
  35         # don't know if these were ever meant to work... cjf 3/7/07
  36         #is($result->heterozygous, 0.208738461136818);
  37         #is($result->heterozygous_SE, 0.0260274689436777);
  38 }
  39
  40 ###################################
  41 # ClusterFactory tests            #
  42 ###################################
  43
  44 my $fact = Bio::Cluster::ClusterFactory->new();
  45 # auto-recognize implementation class
  46 my $clu = $fact->create_object(-display_id => 'Hs.2');
  47 isa_ok($clu, "Bio::Cluster::UniGeneI");
  48 $clu = $fact->create_object(-namespace => "UNIGENE");
  49 isa_ok($clu, "Bio::Cluster::UniGeneI");