t/SeqTools/SeqWords.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SeqWords.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 22);
  10
  11         use_ok('Bio::SeqIO');
  12         use_ok('Bio::Tools::SeqWords');
  13 }
  14
  15 my ($seqobj, $count, $seqobj_stats, $wt);
  16
  17 my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file('multifa.seq'), '-format' => 'Fasta');
  18 $seqobj= $str->next_seq();
  19 ok defined $seqobj, 'new Bio::Root::IO object';
  20
  21 my $words = Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  22 my $hash = $words->count_words(6);
  23 ok (defined $words, 'new Bio::Tools::SeqWords object');
  24 ok (defined $hash, 'count_words');
  25
  26 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACTGACTGGC',
  27                                -alphabet=>'dna', -id=>'test');
  28 ok $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new(-seq=>$seqobj);
  29 isa_ok $seqobj_stats, 'Bio::Tools::SeqWords';
  30
  31 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  32 is $count->{'ACTG'}, 3;
  33 is $count->{'TGGC'}, 1;
  34 is $count->{'GTCA'}, 1;
  35
  36 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  37 is $count->{'ACTG'}, 3;
  38 is $count->{'TGGC'}, 2;
  39 is $count->{'GTCA'}, 1;
  40 is $count->{'GTGG'}, 1;
  41
  42 # now test a protein
  43 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'MQSERGITIDISLWKFETSKYYVTIDISSLWKF',
  44                                -alphabet=>'protein', -id=>'test');
  45 ok $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  46 isa_ok $seqobj_stats, 'Bio::Tools::SeqWords';
  47
  48 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  49 is $count->{'MQSE'}, 1;
  50 is $count->{'LWKF'}, 1;
  51 is $count->{'IDIS'}, 2;
  52
  53 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  54 is $count->{'MQSE'}, 1;
  55 is $count->{'LWKF'}, 2;
  56 is $count->{'IDIS'}, 2;