t/largefasta.t

   1
   2
   3 use strict;
   4 BEGIN {
   5     eval { require Test; };
   6     if( $@ ) {
   7         use lib 't';
   8     }
   9     use Test;
  10     plan tests => 15;
  11 }
  12
  13 use Bio::SeqIO;
  14 use vars qw($tmpfile);
  15 use Bio::Root::IO;
  16 END { unlink $tmpfile; }
  17
  18 $tmpfile = Bio::Root::IO->catfile("t","data","largefastatest.out");
  19 my $seqio = new Bio::SeqIO('-format'=>'largefasta',
  20                            '-file'  =>Bio::Root::IO->catfile("t","data","genomic-seq.fasta"));
  21 ok defined $seqio, 1, 'cannot instantiate Bio::SeqIO::largefasta';
  22
  23 my $pseq = $seqio->next_seq();
  24 $pseq->alphabet('dna');
  25 $pseq->desc('this is my description');;
  26 my $plength = $pseq->length();
  27 my $last_3 = $pseq->subseq($plength-3,$plength);
  28
  29 ok defined $pseq, 1, 'could not call next_seq';
  30 ok $plength > 0, 1, "could not call length, seq was empty";
  31 ok length($pseq->subseq(100, 299)), 200, 'error in subseq';
  32 ok $pseq->trunc(100,199)->length(), 100, 'error in trunc';
  33 ok $pseq->alphabet(), 'dna', 'alphabet was ' . $pseq->alphabet();
  34 ok $pseq->display_id(), 'HSBA536C5',"no display id";
  35 ok $pseq->accession_number(), 'unknown', "no accession";
  36 ok $pseq->desc, 'this is my description', 'no description';
  37
  38 ok open(OUT, ">$tmpfile"), 1,'could not open output file';
  39
  40 my $seqout = new Bio::SeqIO('-format' => 'largefasta',
  41                             '-fh'     => \*OUT );
  42 ok defined $seqout, 1,'could not open seq with outputstream';
  43
  44 ok $seqout->write_seq($pseq), 1,'could not write seq';
  45 $seqout->close();
  46 close(OUT);
  47 my $seqin = new Bio::SeqIO('-format' => 'largefasta',
  48                         '-file'   => $tmpfile);
  49 my $pseq2 = $seqin->next_seq;
  50 ok ($plength, $pseq2->length(),
  51     "written file was not same length as expected");
  52 ok ($pseq->display_id(), $pseq2->display_id(),
  53     "display ids were not identical as expected");
  54 ok ($pseq->desc(), $pseq2->desc() ,
  55     "description was not identical (" . $pseq->desc() .
  56     "," . $pseq2->desc() . ")");