t/StructIO.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9
  10 BEGIN {
  11         # to handle systems with no installed Test module
  12         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13         # as a fallback
  14         eval { require Test; };
  15         if( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         plan tests => 14;
  20 }
  21
  22 use Bio::Structure::Entry;
  23 use Bio::Structure::IO;
  24 use Bio::Root::IO;
  25 ok(1);
  26 #
  27 # test reading PDB format - single model, single chain
  28 #
  29 my $pdb_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","1BPT.pdb");
  30 my $structin = Bio::Structure::IO->new(-file => $pdb_file,
  31                                                                                                         -format => 'pdb');
  32 ok(1);
  33 my $struc = $structin->next_structure;
  34 ok(1);
  35 ok(ref($struc), "Bio::Structure::Entry");
  36
  37 # some basic checks, Structure objects are tested in Structure.t
  38 my ($chain) = $struc->chain;
  39 ok($struc->residue, 97);
  40 my ($atom) = $struc->get_atom_by_serial(367);
  41 ok($atom->id, "NZ");
  42 ok($struc->parent($atom)->id, "LYS-46");
  43 my ($ann) = $struc->annotation->get_Annotations("author");
  44 ok($ann->as_text,
  45         "Value: D.HOUSSET,A.WLODAWER,F.TAO,J.FUCHS,C.WOODWARD              ");
  46 ($ann) = $struc->annotation->get_Annotations("header");
  47 ok($ann->as_text,
  48         "Value: PROTEINASE INHIBITOR (TRYPSIN)          11-DEC-91   1BPT");
  49 my $pseq = $struc->seqres;
  50 ok($pseq->subseq(1,20), "RPDFCLEPPYTGPCKARIIR");
  51
  52 #
  53 # test reading PDB format - single model, multiple chains
  54 #
  55 $pdb_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","1A3I.pdb");
  56 $structin = Bio::Structure::IO->new(-file => $pdb_file,
  57                                                                                                 -format => 'pdb');
  58 $struc = $structin->next_structure;
  59
  60 my ($chaincount,$rescount,$atomcount);
  61 for my $chain ($struc->get_chains) {
  62         $chaincount++;
  63    for my $res ($struc->get_residues($chain)) {
  64                 $rescount++;
  65       for my $atom ($struc->get_atoms($res)) {
  66                         $atomcount++;
  67                 }
  68    }
  69 }
  70
  71 ok($chaincount, 4);  # 3 polypeptides and a group of hetero-atoms
  72 ok($rescount, 60);   # amino acid residues and solvent molecules
  73 ok($atomcount, 171); # ATOM and HETATM
  74
  75 #
  76 # test reading PDB format - multiple models, single chain
  77 #
  78 $pdb_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","1A11.pdb");
  79
  80 #
  81 # test reading PDB format - chains with ATOMs plus HETATMs
  82 #
  83 $pdb_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","8HVP.pdb");
  84
  85 #
  86 # test writing PDB format
  87 #
  88 my $out_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","temp-pdb1bpt.ent");
  89 my $structout = Bio::Structure::IO->new(-file => ">$out_file",
  90                                         -format => 'PDB');
  91 $structout->write_structure($struc);
  92 ok(1);
  93
  94 END {
  95         unlink $out_file if -e $out_file;
  96 }