t/SimilarityPair.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # CVS Version
   5 # $Id$
   6
   7
   8 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   9 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
  10
  11 use strict;
  12
  13 BEGIN {
  14     # to handle systems with no installed Test module
  15     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  16     # as a fallback
  17     eval { require Test; };
  18     if( $@ ) {
  19         use lib 't';
  20     }
  21     use Test;
  22
  23     plan tests => 5;
  24 }
  25 use Bio::Seq;
  26 use Bio::SeqFeature::SimilarityPair;
  27 use Bio::SearchIO;
  28 use Bio::SeqIO;
  29 use Bio::Root::IO;
  30
  31 # test SimilarityPair
  32
  33 my $seq = (new Bio::SeqIO('-format' => 'fasta',
  34                           '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","AAC12660.fa")))->next_seq();
  35 ok defined( $seq) && $seq->isa('Bio::SeqI');
  36 my $blast = new Bio::SearchIO('-file'=>Bio::Root::IO->catfile("t","data","blast.report"), '-format' => 'blast');
  37 ok defined ($blast) && $blast->isa('Bio::SearchIO');
  38 my $r = $blast->next_result;
  39 my $hit = $r->next_hit;
  40 ok defined ($hit) && $hit->isa('Bio::Search::Hit::HitI'), 1, ' hit is ' . ref($hit);
  41 my $sim_pair = $hit->next_hsp;
  42 ok defined($sim_pair) && $sim_pair->isa('Bio::SeqFeatureI');
  43 $seq->add_SeqFeature($sim_pair);
  44 ok $seq->all_SeqFeatures() == 1;