t/Sigcleave.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for various modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't';
  16     }
  17     use Test;
  18     plan tests => 16;
  19 }
  20 use Bio::PrimarySeq;
  21 use Bio::Tools::Sigcleave;
  22
  23 #load n-terminus of MGR5_HUMAN as test seq
  24 my $protein = "MVLLLILSVLLLKEDVRGSAQSSERRVVAHMPGDIIIGALFSVHHQPTVDKVHERKCGAVREQYGI";
  25
  26 ok my $seq= Bio::PrimarySeq->new(-seq => $protein);
  27
  28 ok my $sig = new Bio::Tools::Sigcleave;
  29 ok $sig->seq($seq);
  30 ok my $sout = $sig->seq;
  31 ok $sout->seq eq $protein;
  32 ok $sig->threshold, 3.5;
  33 ok $sig->threshold(5), 5;
  34 ok $sig->matrix, 'eucaryotic';
  35 ok $sig->matrix('procaryotic'), 'procaryotic';
  36 ok $sig->matrix('eucaryotic'), 'eucaryotic';
  37
  38 ok $sig->pretty_print =~ /Maximum score 7/;
  39 ok my %results = $sig->signals;
  40
  41 ok $results{9}, 5.2, "unable to get raw sigcleave results";
  42
  43
  44 $sig = new Bio::Tools::Sigcleave(-seq=>$protein,
  45                                  -threshold=>5);
  46 ok %results = $sig->signals;
  47 ok $results{9}, 5.2, "unable to get raw sigcleave results";
  48 ok $sig->result_count, 5;
  49