t/RefSeq.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);
  11 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  12 my $error;
  13
  14 BEGIN {
  15         # to handle systems with no installed Test module
  16         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  17         # as a fallback
  18         eval { require Test; };
  19         $error = 0;
  20         if( $@ ) {
  21                 use lib 't';
  22         }
  23         use Test;
  24
  25         $NUMTESTS = 13;
  26         plan tests => $NUMTESTS;
  27         eval { require IO::String;
  28                          require LWP::UserAgent;
  29                          require HTTP::Request::Common;
  30                  };
  31         if( $@ ) {
  32                 for( $Test::ntest..$NUMTESTS ) {
  33                         skip("IO::String,LWP::UserAgent, or HTTP::Request::Common not installed. This means the Bio::DB::* modules are not usable. Skipping tests",1);
  34                 }
  35                 $error = 1;
  36         }
  37 }
  38
  39 END {
  40         for ( $Test::ntest..$NUMTESTS ) {
  41                 skip("Unable to complete RefSeq tests - set env variable BIOPERLDEBUG to test",1);
  42         }
  43 }
  44
  45 if( $error ==  1 ) {
  46     exit(0);
  47 }
  48
  49 require  Bio::DB::RefSeq;
  50 require  Bio::DB::GenBank;
  51 require  Bio::DB::EMBL;
  52
  53 my $testnum;
  54 my $verbose = 0;
  55
  56 ## End of black magic.
  57 ##
  58 ## Insert additional test code below but remember to change
  59 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  60 ## total number of tests that will be run.
  61
  62 my ($db,$seq,$db2,$seq2,$seqio);
  63 # get a single seq
  64
  65 $seq = $seqio = undef;
  66
  67 #test redirection from GenBank and EMBL
  68 $verbose = -1;
  69 #GenBank
  70 ok $db = new Bio::DB::GenBank('-verbose'=>$verbose) ;
  71 #EMBL
  72 ok $db2 = new Bio::DB::EMBL('-verbose'=>$verbose) ;
  73
  74 eval {
  75     $seq = $db->get_Seq_by_acc('NT_006732');
  76     $seq2 = $db2->get_Seq_by_acc('NT_006732');
  77 };
  78 ok $@;
  79
  80 exit unless $DEBUG;
  81 eval {
  82     ok($seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732'));
  83     ok($seq && $seq->length eq 3775);
  84     ok $seq2 = $db2->get_Seq_by_acc('NM_006732');
  85     ok($seq2 && $seq2->length eq 3775);
  86 };
  87
  88 if ($@) {
  89     if( $DEBUG ) {
  90         print STDERR "Warning: Couldn't connect to RefSeq with Bio::DB::RefSeq.pm!\n" . $@;
  91     }
  92     exit(0);
  93 }
  94
  95
  96
  97 $verbose = 0;
  98
  99 eval {
 100     ok defined($db = new Bio::DB::RefSeq(-verbose=>$verbose));
 101     ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732')));
 102     ok( $seq->length, 3775);
 103     ok defined ($db->request_format('fasta'));
 104     ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732')));
 105     ok( $seq->length, 3775);
 106 };
 107
 108 if ($@) {
 109     if( $DEBUG ) {
 110         print STDERR "Warning: Couldn't connect to RefSeq with Bio::DB::RefSeq.pm!\n" . $@;
 111     }
 112     exit(0);
 113 }
 114