BUGS

   1 # $Id: BUGS,v 1.6 2004-02-24 19:58:26 bosborne Exp $
   2
   3 Known Bugs
   4
   5 Bioperl 1.2
   6 ===========
   7
   8  * The StandAloneBlast.t test is failing on cygwin installations (and
   9    nowhere else). We suspect something to do with temporary file
  10    opening. Fixed in 1.4 (set TMPDIR).
  11
  12
  13 Bioperl 0.9.0
  14 =============
  15  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
  16    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for
  17    it that have not been fixed.
  18
  19  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get
  20    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
  21    (jitterbug #966).
  22
  23  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
  24    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
  25
  26  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB
  27    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
  28    these during a make test.
  29    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
  30    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
  31    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
  32    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
  33    tracked down.
  34
  35 Bioperl 0.7.2
  36 =============
  37
  38  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
  39    online which as resulted in some of the DB methods from not working
  40    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
  41    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
  42    part of the later releases.
  43
  44    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
  45    the bioperl list archives for information about potential
  46    workarounds and ongoing development effort to address these.
  47
  48 Bioperl 0.7.1
  49 =============
  50  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
  51    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
  52
  53  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
  54    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
  55    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
  56    bioperl release.
  57
  58  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
  59    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
  60    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
  61    File::Temp when running 0.7 branch code.
  62
  63  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
  64    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
  65    jobs to a remote blast server like NCBI a module
  66    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
  67    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
  68    major bioperl release.
  69
  70 Bioperl 0.7
  71 ===========
  72  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
  73    code synopsis code as
  74      my $parser = new BPlite(\*FH);
  75    should be
  76      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
  77