t/Tools/Signalp.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 11);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Signalp');
  13 }
  14
  15 # global setting
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 # shared variables
  20
  21 my $infile;
  22 my $parser;
  23 my @feat;
  24
  25 # negative example without "YES" features
  26
  27 ok $infile = test_input_file('signalp.negative.out');
  28 ok $parser = Bio::Tools::Signalp->new(-file=>$infile, -verbose=>$verbose);
  29
  30 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  31   push @feat, $feat;
  32 }
  33 is @feat, 0;
  34 is $parser->_seqname, 'my_fasta_id';
  35 is $parser->_fact1,   'NO';
  36
  37 # positive example with "YES" features
  38
  39 ok $infile = test_input_file('signalp.positive.out');
  40 ok $parser = Bio::Tools::Signalp->new(-file=>$infile, -verbose=>$verbose);
  41
  42 #
  43 #  The current module does NOT parse stuff properly
  44 #  It is probably from version 2 but version 3 is used today
  45 #  This has to be investigated!!!! --Torsten
  46 #  FIXME / TODO? / BUG / ***
  47 #
  48
  49 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  50   push @feat, $feat;
  51 }
  52 is @feat , 1;
  53 is $parser->_seqname, 'my_fasta_id';
  54 is $parser->_fact1,   'YES';