Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.921
  21
  22     * Minor update to address CPAN test failures
  23
  24 1.6.920
  25
  26     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
  27       - this cause version clashes with an independently-released
  28         version of Bio::Biblio
  29
  30 1.6.910
  31
  32     [New features]
  33
  34     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
  35       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
  36         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
  37         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
  38         1.7.x release series [cjfields]
  39
  40     [New features]
  41
  42     * Bio::Seq::SimulatedRead
  43         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
  44     * Bio::Tools::IUPAC
  45         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
  46           [fangly]
  47     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
  48         - Code refresh [fangly]
  49     * Bio::DB::Taxonomy
  50         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
  51     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
  52         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
  53         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
  54           number is exceeded in add_trait() [fangly]
  55         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
  56         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
  57     * Bio::DB::Taxonomy::list
  58         - Misc optimizations [fangly]
  59         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
  60     * Bio::DB::Taxonomy::*
  61         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
  62     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
  63         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
  64         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
  65         - new option to remove index file at the end [fangly]
  66     * Bio::DB::Fasta
  67         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
  68     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
  69         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
  70     * Bio::PrimaryQual
  71         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
  72     * Bio::SeqIO::fasta
  73         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
  74           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
  75         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
  76           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
  77     * Bio::FeatureIO::*
  78         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
  79     * Bio::SeqFeature::Annotated
  80         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
  81     * Bio::Cluster::SequenceFamily
  82         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
  83           criteria
  84     * Bio::SearchIO::hmmer3
  85         - now supports nhmmer [bosborne]
  86
  87     [Bug fixes]
  88
  89     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
  90       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
  91     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
  92       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
  93     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
  94       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
  95     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
  96       total gaps [Paul Cantalupo]
  97     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
  98     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
  99       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 100     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 101       cjfields]
 102     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 103       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 104     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 105       types [fangly]
 106     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 107     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 108       cjfields]
 109     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 110     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 111       breaks parsing [cjfields]
 112     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 113       be reverse-complemented [fangly]
 114     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 115     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 116       when unsure that values will be numerical [fangly]
 117     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 118     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 119     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 120     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 121       Sallou]
 122     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 123       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 124     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 125       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 126     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 127       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 128     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 129       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 130     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 131       without also passing a lineage to store [fangly]
 132     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 133       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 134       [fangly]
 135     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 136     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 137     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 138       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 139
 140
 141 1.6.901 May 18, 2011
 142
 143     [Notes]
 144
 145     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 146       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 147     * Minor bug fix release
 148     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 149     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 150     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 151     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 152     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 153       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 154       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 155
 156     [Bug fixes]
 157
 158     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 159       docs [genehack, cjfields]
 160     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 161       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 162       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 163
 164
 165 1.6.900 April 14, 201
 166
 167     [Notes]
 168
 169     * This will probably be the last release to add significant features to
 170       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 171       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 172       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 173     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 174       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 175       This code essentially is what is on the github master branch.
 176
 177     [New features]
 178
 179     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 180     * Bio::Tree refactor
 181         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 182         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 183           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 184     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 185           many others]
 186     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 187           [Warren Kretzschmar]
 188     * Bio::SeqIO::gbxml
 189         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 190     * Bio::Assembly::IO
 191         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 192         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 193         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 194         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 195         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 196           at a time [Joshua Udall, fangly]
 197     * Bio::OntologyIO
 198         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 199             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 200         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 201     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 202
 203     [Bug fixes]
 204
 205     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 206     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 207     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 208     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 209                [cjfields]
 210     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 211     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 212     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 213     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 214     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 215                hyphaltip]
 216     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 217     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 218     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 219                cjfields]
 220     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 221     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 222     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 223     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 224     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 225     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 226                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 227     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 228                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 229     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 230                jhannah]
 231     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 232     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 233                cjfields]
 234     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 235     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 236     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 237     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 238     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 239     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 240     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 241                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 242     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 243     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 244     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 245     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 246     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 247     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 248     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 249     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 250                DaveMessina]
 251     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 252     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 253     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 254     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 255     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 256     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 257     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 258     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 259                PAML 4.4d [DaveMessina]
 260     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 261                DaveMessina]
 262     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 263     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 264     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 265     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 266     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 267     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 268     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 269     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 270                cjfields]
 271     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 272     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 273     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 274     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 275     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 276     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 277     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 278     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 279     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 280     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 281     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 282     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 283     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 284     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 285                cjfields]
 286     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 287     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 288     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 289     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 290     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 291     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 292     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 293     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 294     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 295     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 296     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 297     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 298     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 299     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 300     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 301     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 302     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 303     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 304     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 305                cjfields]
 306     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 307
 308     [Deprecated]
 309
 310     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 311       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 312       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 313       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 314
 315     [Other]
 316
 317     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 318       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 319     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 320     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 321       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 322       [cjfields]
 323
 324 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 325     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 326
 327 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 328     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 329
 330 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 331     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 332     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 333       [cjfields]
 334     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 335
 336 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 337     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 338     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 339       [cjfields]
 340     * Minor doc fixes [cjfields]
 341
 342 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 343     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 344     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 345
 346 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 347     * Bio::Root::Build
 348         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 349
 350 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 351     * Bio::Align::DNAStatistics
 352         - fix divide by zero problem [jason]
 353     * Bio::AlignIO::*
 354         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 355     * Bio::AlignIO::stockholm
 356         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 357     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 358         - function to score contig spectrum [fangly]
 359     * Bio::DB::EUtilities
 360         - small updates [cjfields]
 361     * Bio::DB::Fasta
 362         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 363           [lstein]
 364     * Bio::DB::HIV
 365         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 366           database interface [maj]
 367     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 368         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 369         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 370         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 371     * Bio::DB::SwissProt
 372         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 373     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 374         - mailing list bug fix [cjfields]
 375     * Bio::LocatableSeq
 376         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 377     * Bio::Matrix::IO::phylip
 378         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 379     * Bio::Nexml
 380         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 381           file format [maj, chmille4]
 382     * Bio::PopGen
 383         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 384         - simplify LD code [jason]
 385     * Bio::RangeI
 386         - deal with empty intersection [jason]
 387     * Bio::Restriction
 388         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 389           external and non-palindromic cutters. [maj]
 390     * Bio::Root::Build
 391         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 392     * Bio::Root::IO
 393         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 394         - catch unintentional undef values [cjfields]
 395         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 396     * Bio::Root::Root/RootI
 397         - small debugging and core fixes [cjfields]
 398     * Bio::Root::Test
 399         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 400     * Bio::Root::Utilities
 401         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 402     * Bio::Search
 403         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 404           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 405           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 406           release
 407         - small fixes [cjfields]
 408     * Bio::SearchIO
 409         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 410         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 411         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 412         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 413         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 414         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 415         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 416     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 417         - delete tempdirs [cjfields]
 418         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 419     * Bio::Seq::Quality
 420         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 421         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 422     * Bio::SeqFeature::Lite
 423         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 424     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 425         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 426     * Bio::SeqIO::chadoxml
 427         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 428     * Bio::SeqIO::embl
 429         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 430     * Bio::SeqIO::fastq
 431         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 432           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 433           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 434           [cjfields]
 435     * Bio::SeqIO::genbank
 436         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 437         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 438     * Bio::SeqIO::largefasta
 439         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 440     * Bio::SeqIO::raw
 441         - add option for 'single' and 'multiple'
 442     * Bio::SeqIO::scf
 443         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 444     * Bio::SeqUtils
 445         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 446           Jackson]
 447     * Bio::SimpleAlign
 448         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 449         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 450         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 451           [Tristan Lefebure, maj]
 452         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 453         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 454     * Bio::Tools::dpAlign
 455         - add support for LocatableSeq [ymc]
 456         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 457     * Bio::Tools::EUtilities
 458         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 459         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 460           [cjfields]
 461     * Bio::Tools::HMM
 462         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 463         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 464     * Bio::Tools::Primer3
 465         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 466     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 467         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 468     * Bio::Tools::SeqPattern
 469         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 470     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 471         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 472     * Bio::Tree::*
 473         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 474     * Bio::Tree::Statistics
 475         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 476           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 477     * Bio::Tree::Tree
 478         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 479           prematurely garbage-collected [cjfields]
 480         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 481           [maj]
 482     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 483         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 484           Lefebure, maj]
 485     * Bio::TreeIO::newick
 486         - fix small semicolon issue [cjfields]
 487     * scripts
 488         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 489         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 490         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 491         - gccalc - total stats [jason]
 492     * General Stuff
 493         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 494         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 495         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 496           in favor of num_* [cjfields]
 497         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 498         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 499
 500 1.6.0 Winter 2009
 501     * Feature/Annotation rollback
 502         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 503           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 504           overloading and interface methods.
 505         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 506           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 507           speedup.
 508     * Bio::Graphics
 509         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 510           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 511         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 512           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 513     * Bio::Root::Test
 514         - Common test bed for all BioPerl modules
 515     * Bio::Root::Build
 516         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 517     * Bio::DB::EUtilities
 518         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 519           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 520           and user agent request posting and retrieval
 521     * Test implementation and reorganization
 522         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 523           cases.
 524         - Automated test coverage is now online:
 525           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 526         - After this release, untested modules will be moved into a
 527           separate developer distribution until tests can be derived.
 528           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 529           and adequate test coverage.
 530
 531 1.5.2 Developer release
 532
 533     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 534     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 535     The following represents a brief overview of the most important changes.
 536
 537     o Bio::Map
 538       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 539         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 540         backward compatible.
 541
 542     o Bio::Taxonomy
 543       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 544         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 545
 546     o Bio::DB::Taxonomy
 547
 548       - Taxonomy.pm
 549         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 550
 551         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 552
 553         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 554           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 555
 556       - flatfile.pm
 557         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 558
 559         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 560           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 561
 562       - entrez.pm
 563         * get_node() has new option -full
 564
 565         * Caches data retrieved from website
 566
 567     o Bio::Species
 568       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 569         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 570         backward compatability in species() method.
 571
 572     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 573       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 574         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 575         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 576         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 577
 578
 579 1.5.1 Developer release
 580
 581     o Major problem with how Annotations were written out with
 582       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 583       Bio::Annotation objects.
 584
 585     o Bio::SeqIO
 586
 587      - genbank.pm
 588        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 589          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 590          indicate line wrapping.
 591
 592        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 593          both common_name() and classification()
 594
 595        * parse swissprot fields in genpept file
 596
 597        * parse WGS genbank records
 598
 599      - embl.pm
 600         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 601           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 602           colon expression following the captured \S+. This means the
 603           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 604           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 605           repbase
 606
 607         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 608           it. Like: "genomic DNA"
 609
 610      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 611
 612      - entrezgene.pm
 613         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 614           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 615
 616     o Bio::AlignIO
 617
 618      -  maf.pm coordinate problem fixed
 619
 620     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 621
 622      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 623        can be done via Web without downloading all the sequence.
 624
 625     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 626       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 627       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 628       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 629       fully expects to change things in the future.
 630
 631     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 632
 633       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 634
 635       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 636         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 637         to bootstraps.
 638          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 639             $node->bootstrap($node->id);
 640             $node->id('');
 641          }
 642       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 643         LF.
 644
 645       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 646
 647       - Node height and depth now properly calculated
 648
 649       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 650
 651     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 652       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 653       these.
 654
 655     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 656       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 657
 658     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 659       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 660       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 661
 662     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 663
 664     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 665       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 666       branch specific parametes are now supported.
 667
 668     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 669       (joins of joins)
 670
 671     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 672       for getter/setter functions
 673
 674     o Bio::SearchIO
 675
 676       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 677         and possible e+ values
 678
 679       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 680         a full database pathname,
 681
 682       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 683         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 684
 685       - psl off-by-one error fixed
 686
 687       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 688         and HSPs can be constructed from them.
 689
 690       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 691         always available via $hit->description and
 692         $result->query_description
 693
 694       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 695
 696       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 697
 698     o Bio::Tools::Hmmpfam
 699       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 700       allow parse of multiple records
 701
 702
 703 1.5 Developer release
 704
 705     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 706       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 707       respectively.
 708
 709     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 710       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 711       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 712       particularly large multiple sequence alignments.
 713
 714     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 715       be treated similarly as an assembled contig.
 716
 717     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 718       methods for identifying particular codons that encode a given
 719       amino acid.
 720
 721     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 722       a Bio::Coordinate pair directly from a
 723       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 724
 725     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 726       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 727       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 728       results as XML.
 729
 730     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 731
 732     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 733       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 734       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 735       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 736       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 737       Sequence Ontology.
 738
 739     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 740       analysis of protein interaction graphs.
 741
 742     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 743
 744     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 745       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 746
 747     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 748       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 749       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 750       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 751       import.
 752
 753     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 754       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 755
 756     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 757       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 758       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 759       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 760       ontology files are hard-coded into
 761       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 762
 763     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 764       population genetics analyses.
 765
 766     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 767       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 768       overlapping ranges are merged into a single range with the
 769       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 770
 771     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 772       The new -url argument allows one to specify the network address
 773       of a file for input.  -url currently only works for GET
 774       requests, and thus is read-only.
 775
 776     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 777       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 778       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 779       involved in the alignments was the same, but this only worked
 780       when the repeated domain occured without interruption by any
 781       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 782       objects.
 783
 784     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 785       implement the "get_statistics" method to access
 786       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 787       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 788       lambda for BLAST/FASTA).
 789
 790     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 791       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 792
 793     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 794       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 795       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 796       dealing with untyped annotation tags.  All
 797       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 798       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 799
 800     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 801       melting point predictions.
 802
 803     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 804       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 805
 806     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 807       Bio::Species interoperability.
 808
 809     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 810       make_iupac_string() methods.
 811
 812     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 813
 814     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 815
 816     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 817       parsers.
 818
 819     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 820       for designing small inhibitory RNA.
 821
 822     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 823       methods based on a distance matrix.
 824
 825     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 826       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 827       based on provided bootstrap tree topologies.
 828
 829     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 830
 831 1.4 branch
 832
 833 1.4.1
 834
 835   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 836
 837   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 838
 839   o Bio::SearchIO
 840    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 841      (RF lines alone)
 842    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 843    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 844
 845   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 846     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 847     supporting more complex queries
 848
 849
 850 1.4. Stable major release
 851
 852 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
 853
 854    o installable scripts
 855
 856    o global module version from Bio::Root:Version
 857
 858    o Bio::Graphics
 859       - major improvements; SVG support
 860
 861    o Bio::Popgen
 862      - population genetics
 863      - support several population genetics types of questions.
 864      - Tests for statistical neutrality of mutations
 865        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
 866        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
 867        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
 868        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
 869        well.
 870      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
 871        and csv (comma delimited formatted) data.
 872
 873      - a directory for implementing population simulations has
 874        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
 875        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
 876        simulation have been provided.  This replaces the code in
 877        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
 878        methods for generating random phylogenetic trees are
 879        implemented.
 880
 881    o Bio::Restriction
 882       - new restrion analysis modules
 883
 884    o Bio::Tools::Analysis
 885       - web based DNA and Protein analysis framework and several
 886         implementations
 887
 888    o Bio::Seq::Meta
 889      - per residue annotable sequences
 890
 891    o Bio::Matrix
 892       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
 893       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
 894         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
 895         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
 896         Distance matricies respectively.  A generic matrix
 897         implementation for general use was added in
 898         Bio::Matrix::Generic.
 899
 900    o Bio::Ontology
 901      - major changes
 902
 903    o Bio:Tree
 904
 905    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
 906      - small inhibitory RNA
 907
 908    o Bio::SeqFeature::Tools
 909      - seqFeature mapping tools
 910      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
 911        -- deal with mapping GenBank feature collections into
 912           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
 913
 914    o Bio::Tools::dpAlign
 915      - pure perl dynamic programming sequence alignment
 916      - needs Bioperl-ext
 917
 918    o new Bio::SearchIO formats
 919      - axt and psl:  UCSC formats.
 920      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
 921
 922    o new Bio::SeqIO formats
 923      - chado, tab, kegg, tigr, game
 924      - important fixes for old modules
 925
 926    o Bio::AlignIO: maf
 927
 928    o improved Bio::Tools::Genewise
 929
 930    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
 931      stream
 932
 933    o new parsers in Bio::Tools:
 934       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
 935
 936    o Bio::DB::Registry bugs fixed
 937      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
 938      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
 939        used by the OBDA system
 940
 941    o several new HOWTOs
 942      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
 943        Databases
 944
 945    o hundreds of new and improved files
 946
 947
 948    o
 949    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
 950      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
 951
 952
 953 1.2 Branch
 954
 955 1.2.3 Stable release update
 956     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
 957                   handling.
 958     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
 959     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
 960       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
 961     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
 962       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
 963       keywords returns a string and the array is accessible via
 964       get_keywords).
 965     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
 966       Added a new initialization option -nodelete which
 967       won't try and cleanup the containing nodes if this
 968       is true.
 969      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
 970        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
 971        - Also merged main trunk changes to the branch which make
 972          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
 973          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
 974          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
 975          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
 976          tests for this module as well.
 977     o Bio::SearchIO
 978       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
 979         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
 980         the extra unexpeted column).
 981       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
 982         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
 983         although doesn't try to correct it - will get the negative
 984         number for you.  Added a test for this as well.
 985       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
 986         has no top-level family classification scores but does have scores and
 987         alignments for individual domains.
 988       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
 989         regular expression to match the line was missing the possibility of
 990         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
 991         catch it before.
 992       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
 993         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
 994       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
 995         were fixed to include many improvements and added flexiblity
 996         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
 997      o Bio::DB::GFF
 998       - Update for GFF3 compatibility.
 999       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1000       - Added a 1.2003 version number.
1001      o Bio::Graphics
1002       - Updated tutorial.
1003       - Added a 1.2003 version number.
1004      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1005        properly writing keywords out.
1006      o Bio::SeqIO::genbank
1007       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1008         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1009         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1010         string so it is properly formatted.
1011       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1012         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1013         parse in the ORIGIN text.
1014      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1015        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1016        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1017        documentation for more information.
1018      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1019
1020 1.2.2 Stable release update
1021
1022     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1023       - auto-discover ontology name
1024       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1025       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1026       - various smaller issues
1027
1028     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1029       of Bio::Ontology::TermI
1030
1031     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1032
1033     o Bio::DB::GenBank
1034       - eutils URL change
1035       - accession number retrieval fixed
1036
1037     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1038
1039     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1040       #1459 which now properly report alignment start/end info
1041       for translated BLAST/FASTA searches.
1042
1043     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1044
1045     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1046       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1047       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1048       support for bl2seq in the SearchIO system.
1049
1050     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1051       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1052       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1053       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1054
1055     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1056
1057     o Bio::SeqIO::genbank
1058       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1059       - write moltype correctly for genpept
1060
1061 1.2.1 Stable release update
1062
1063     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1064
1065     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1066       BioSQL releases against 1.2.1
1067
1068     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1069
1070     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1071       the primary accession number
1072
1073     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1074
1075     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1076
1077 1.2  Stable major release
1078
1079     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1080
1081     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1082       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1083
1084     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1085       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1086       Hmmpfam parser.
1087
1088     o New ontology parsing Bio::Ontology
1089
1090     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1091       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1092
1093     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1094
1095     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1096
1097     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1098       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1099
1100     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1101       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1102       features into different coordinate systems.
1103
1104     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1105       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1106       NCBI eutils interface.
1107
1108     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1109       object for extracting subsets of features : currently only
1110       supports extraction by location.
1111
1112 1.1.1 Developer release
1113
1114     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1115
1116     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1117       a domain of Bioperl.
1118
1119     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1120       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1121
1122     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1123       have been addressed.
1124
1125     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1126
1127     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1128
1129     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1130       A global _load_module method was implemented to simplify the
1131       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1132       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1133       etc).
1134
1135     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1136       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1137
1138     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1139       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1140       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1141       before 1.2 release.
1142
1143     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1144
1145 1.1 Developer release
1146
1147     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1148       this separation removes some of the complexity in our test suite
1149       and separates the core modules in bioperl from those that need
1150       external programs to run.
1151
1152     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1153       not run into trouble running the makefile
1154
1155     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1156       read,create,and write locations for grouped/split locations
1157       (like mRNA features on genomic sequence).
1158
1159     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1160       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1161
1162     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1163       paraphyly, least common ancestor, etc.
1164
1165     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1166
1167     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1168       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1169
1170     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1171       a pseudo-blast textfile format
1172
1173
1174 1.0.2 Bug fix release
1175
1176     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1177       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1178       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1179       on our main development branch and the functionality will be
1180       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1181       Fall 2002.
1182
1183     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1184       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1185       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1186       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1187
1188     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1189       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1190       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1191       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1192       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1193       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1194       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1195       implementation in BlastHSP).
1196
1197     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1198       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1199
1200     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1201
1202     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1203       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1204       unbalanced trees.
1205
1206     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1207       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1208       -seqid becamse -seq_id.
1209
1210     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1211       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1212       the alignment when the best alignment starts internally in the
1213       sequence.
1214
1215 1.0.1 Bug fix release
1216
1217     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1218
1219     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1220       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1221
1222     o Small API change to add methods for completeness across
1223       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1224       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1225       as the BlastXX objects.
1226         * Bio::Search::Result::ResultI
1227          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1228            iterator method)
1229
1230         * Bio::Search::Hit::HitI
1231          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1232            iterator method)
1233
1234     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1235        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1236        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1237        has to be done here to make it work properly and will nee major
1238        API changes.
1239
1240     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1241        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1242        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1243
1244     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1245       tests added.
1246
1247     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1248
1249     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1250
1251     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1252       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1253       the newline.
1254
1255 1.0.0 Major Stable Release
1256
1257   This represents a major release of bioperl with significant
1258   improvements over the 0.7.x series of releases.
1259
1260     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1261       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1262
1263     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1264       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1265
1266     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1267       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1268       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1269       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1270       documentation in Bio::Biblio for more information.
1271
1272     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1273       Open Bioinformatics Database Access.  See
1274       http://obda.open-bio.org for more information.
1275
1276     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1277       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1278       local database.
1279
1280     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1281       been added by Lincoln Stein.
1282
1283     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1284
1285     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1286       a starting point for frequent questions and issues.
1287
1288 0.9.3 Developer's release
1289
1290     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1291       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1292       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1293       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1294
1295     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1296       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1297       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1298       modules.
1299
1300     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1301       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1302
1303     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1304       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1305       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1306       Bio::DB::GFF databases.
1307
1308 0.9.2 Developer's release
1309
1310     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1311       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1312       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1313
1314     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1315       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1316       statistics module for evaluating.
1317
1318     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1319       server for DAS servers.
1320
1321     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1322       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1323       for the data stream.
1324
1325     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1326       functionality.
1327
1328     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1329
1330     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1331       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1332
1333     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1334       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1335
1336     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1337       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1338       remote servers.
1339
1340     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1341       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1342       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1343       previous system.
1344
1345     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1346
1347     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1348       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1349
1350     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1351       strictly enforced.
1352
1353     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1354       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1355
1356     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1357       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1358
1359 0.9.0 Developer's release
1360
1361     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1362
1363     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1364       blast jobs at NCBI.
1365
1366     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1367
1368     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1369       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1370       Promotor, PolyA and Transcript.
1371
1372     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1373
1374     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1375       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1376
1377     o Various fixes to Variation toolkit
1378
1379     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1380       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1381       and dbs in a single interface.
1382
1383     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1384
1385     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1386       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1387
1388     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1389
1390 0.7.2 Bug fix release
1391
1392     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1393       to be runnable in many (but not all modules)
1394
1395     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1396
1397     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1398       split locations
1399
1400     o Bio::SeqIO::genbank
1401         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1402         * moltype and molecule separation
1403
1404     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1405
1406     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1407       sequence calculation
1408
1409     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1410
1411     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1412       major changes are not on the 0.7 branch.
1413
1414     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1415       with File::Spec
1416
1417     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1418         in several types of mutations:
1419         1.) AA level: deletion, complex
1420         2.) AA level: complex, inframe
1421         3.) RNA level: silent
1422
1423     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1424        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1425        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1426        way to test if report was empty is to see if
1427        $report->query->seqname is undefined.
1428
1429 0.7.1 Bug fix release
1430
1431     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1432       related to Feature table parsing and locations on remote
1433       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1434
1435     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1436       which include a number of header lines.
1437
1438     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1439       spaces where appropriate).
1440
1441     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1442       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1443
1444     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1445       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1446       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1447
1448     o A moderate number of documentation improvements were made as
1449       well to provide a better code synopsis in each module.
1450
1451
1452 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1453      Object system, new parsers, new functionality and
1454      all round better system. Highlights are:
1455
1456
1457      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1458        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1459
1460      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1461        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1462        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1463
1464      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1465        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1466        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1467        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1468        feature tables for complex locations.
1469
1470      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1471        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1472        a temporary file as a backend.
1473
1474      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1475        CDS retrieval and exon shuffling.
1476
1477      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1478
1479      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1480        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1481
1482      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1483        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1484
1485      o New Alignment IO framework
1486
1487      o New Index modules (Swissprot)
1488
1489      o New modules for running Blast within perl
1490        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1491        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1492        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1493
1494      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1495        documentation across the package.
1496
1497      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1498        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1499        setup (see PLATFORMS).
1500
1501      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1502        maintainability benefit a lot.
1503
1504      o A total of 957 automatic tests
1505
1506
1507 0.6.2
1508
1509    There are very few functionality changes but a large
1510    number of software improvements/bug fixes across the package.
1511
1512    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1513
1514    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1515      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1516      wait for 0.7 release
1517
1518    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1519
1520    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1521      fixed.
1522
1523    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1524
1525    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1526      set have been removed
1527
1528    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1529      have improved compliance with interface specs and documentation
1530
1531    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1532
1533    o Most minor bug fixes have happened.
1534
1535    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1536      rather than the deprecated syntax
1537
1538
1539 0.6.1  Sun April 2 2000
1540
1541    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1542         - The sequence features can be read from or written to
1543           EMBL and GenBank style flat files
1544
1545    o Objects for Annotation, including References (but not
1546      full medline abstracts), Database links and Comments are
1547      provided
1548
1549    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1550      is provided
1551
1552    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1553
1554    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1555      support and better overall behaviour.
1556
1557    o Flat file indexed databases provide both random access
1558      and sequential access to their component sequences.
1559
1560    o A CodonTable object has been written with all known
1561      CodonTables accessible.
1562
1563    o A number of new lightweight analysis tools have been
1564      added, such as molecular weight determination.
1565
1566     The 0.6 release also has improved software engineering
1567
1568    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1569      maintainable and easier to implement objects. These
1570      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1571
1572    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1573      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1574      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1575
1576      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1577      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1578      bioperl.
1579
1580    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1581      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1582      over arguments.
1583
1584    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1585      tests are now run before release).
1586
1587
1588
1589 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1590         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1591           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1592           and SimpleAlign.
1593         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1594           including better exception handling and PSI-Blast
1595           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1596         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1597           Follow the instructions in README for how to install
1598           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1599         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1600           objects are returned and where strings are returned.
1601         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1602           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1603         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1604
1605 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1606         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1607           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1608           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1609         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1610           sequence reformatting code out of the sequence object
1611         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1612           generic index capabilities and specifically works for
1613           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1614           databases
1615         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1616           databases, both via flat file + index (see above) and
1617           via http to NCBI
1618         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1619           are put has been started.
1620         - Many changes - a better distribution all round.
1621
1622 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1623         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1624           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1625         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1626         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1627         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1628         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1629           get_newline() since it could return more than one char.
1630         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1631         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1632         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1633         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1634         - Beefed up SimpleAlign.t test
1635
1636 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1637         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1638           script is run as a CGI and suppress output that is only
1639           appropriate when running interactively.
1640         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1641         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1642           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1643         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1644           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1645         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1646           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1647         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1648           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1649           -debug argument.
1650         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1651           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1652           creation and autodetect newline characters in files/streams
1653           (see bug report #19).
1654         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1655           Utilities::create_filehandle().
1656         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1657           of hardwiring in "\n".
1658         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1659
1660 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1661         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1662           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1663         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1664           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1665         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1666           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1667           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1668         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1669           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1670           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1671
1672 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1673         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1674           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1675         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1676           with make clean.
1677
1678 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1679         - Lots of new modules added including:
1680            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1681              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1682              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1683            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1684            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1685         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1686         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1687         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1688           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1689           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1690
1691 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1692         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18