t/Seq/PrimedSeq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 65);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13     use_ok('Bio::Seq::PrimedSeq');
  14 }
  15
  16 my ($seqio, $seq, $left, $right, $primed_seq, $left_test, $right_test, $annseq, $amplicon, $returnedseq);
  17
  18 $seqio = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('primedseq.fa'));
  19 $seq   = $seqio->next_seq;
  20
  21 my $expected_amplicon_seq = 'cttttcattctgactgcaacgGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAA'.
  22 'AAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAA'.
  23 'TACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAacgcattagca'.
  24 'ccacc';
  25
  26 my $expected_amplicon_seq2 = 'cttttcattctgactgcaacgTGTCTCTGTGTGGATTAAAAA'.
  27 'AAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAA'.
  28 'TACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAacgcattagca'.
  29 'ccacc';
  30
  31 # Prime with Bio::PrimarySeqI objects and have the primer positions calculated
  32 $left  = Bio::PrimarySeq->new(-id => 123, -seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  33 $right = Bio::Seq->new(-seq => 'GGTGGTGCTAATGCGT');
  34 ok $primed_seq = Bio::Seq::PrimedSeq->new(
  35     -seq          => $seq,
  36     -left_primer  => $left,
  37     -right_primer => $right,
  38 ), 'Priming the target with sequence objects';
  39
  40 is $primed_seq->isa('Bio::SeqFeature::Generic'), 1;
  41
  42 ok $annseq = $primed_seq->annotated_sequence; # should I check that this is what I think it is, or just be happy?
  43
  44 ok $amplicon = $primed_seq->amplicon;
  45 is $amplicon->seq, $expected_amplicon_seq;
  46 is $amplicon->id, 'Amplicon_from_Test1';
  47 ok $returnedseq = $primed_seq->seq;
  48 is $returnedseq->seq, $seq->seq;
  49 ok $left_test = $primed_seq->get_primer('-left_primer');
  50 isa_ok $left_test, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  51 is $left_test->seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
  52 ok $right_test = $primed_seq->get_primer('-r');
  53 isa_ok $right_test, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  54 is $right_test->seq->seq, 'GGTGGTGCTAATGCGT';
  55 ok( ($left_test, $right_test) = $primed_seq->get_primer() );
  56 is $left_test->seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
  57 is $right_test->seq->seq, 'GGTGGTGCTAATGCGT';
  58 is $left_test->strand, 1;
  59 is $left_test->start, 3;
  60 is $left_test->end, 23;
  61 is $right_test->strand, -1;
  62 is $right_test->start, 195;
  63 is $right_test->end, 210;
  64
  65
  66 # Prime the sequence with Bio::SeqFeature::Primer objects
  67 $left  = Bio::SeqFeature::Primer->new(-id => 123, -seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  68 $right = Bio::SeqFeature::Primer->new(-seq => 'GGTGGTGCTAATGCGT');
  69 ok $primed_seq = Bio::Seq::PrimedSeq->new(
  70     -seq          => $seq,
  71     -left_primer  => $left,
  72     -right_primer => $right,
  73 ), 'Priming the target with primer objects';
  74 ok $annseq = $primed_seq->annotated_sequence;
  75 ok $amplicon = $primed_seq->amplicon;
  76 is $amplicon->seq, $expected_amplicon_seq;
  77 is $amplicon->id, 'Amplicon_from_Test1';
  78 ok $returnedseq = $primed_seq->seq;
  79 is $returnedseq->seq, $seq->seq;
  80 ok $left_test = $primed_seq->get_primer('left');
  81 is_deeply $left_test, $left;
  82 ok $right_test = $primed_seq->get_primer('r');
  83 is_deeply $right_test, $right;
  84 ok( ($left_test, $right_test) = $primed_seq->get_primer('-both') );
  85 is_deeply $left_test, $left;
  86 is_deeply $right_test, $right;
  87 is $left_test->strand, 1;
  88 is $left_test->start, 3;
  89 is $left_test->end, 23;
  90 is $right_test->strand, -1;
  91 is $right_test->start, 195;
  92 is $right_test->end, 210;
  93
  94
  95 # Prime the sequence with Bio::SeqFeature::Primer objects
  96 $left  = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  97     -id => 123,
  98     -seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG',
  99     -start => 10,
 100     -end => 30,
 101     -strand => 1,
 102 );
 103 $right = Bio::SeqFeature::Primer->new(
 104     -seq => 'GGTGGTGCTAATGCGT',
 105     -start => 195,
 106     -end => 210,
 107     -strand => -1,
 108 );
 109 ok $primed_seq = Bio::Seq::PrimedSeq->new(
 110     -seq          => $seq,
 111     -left_primer  => $left,
 112     -right_primer => $right,
 113 ), 'Priming the target with located primer objects';
 114 ok $annseq = $primed_seq->annotated_sequence;
 115 ok $amplicon = $primed_seq->amplicon;
 116 is $amplicon->seq, $expected_amplicon_seq2;
 117 is $amplicon->id, 'Amplicon_from_Test1';
 118 ok $returnedseq = $primed_seq->seq;
 119 is $returnedseq->seq, $seq->seq;
 120 ok $left_test = $primed_seq->get_primer('left');
 121 is_deeply $left_test, $left;
 122 ok $right_test = $primed_seq->get_primer('r');
 123 is_deeply $right_test, $right;
 124 ok( ($left_test, $right_test) = $primed_seq->get_primer('-both') );
 125 is_deeply $left_test, $left;
 126 is_deeply $right_test, $right;
 127 is $left_test->strand, 1;
 128 is $left_test->start, 10;
 129 is $left_test->end, 30;
 130 is $right_test->strand, -1;
 131 is $right_test->start, 195;
 132 is $right_test->end, 210;