t/SearchIO/rnamotif.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_rnamotif.t 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 60);
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my ($searchio, $result, $iter, $hit, $hsp, $algorithm, $meta);
  15
  16 #### RNAMotif ####
  17
  18 # regular data
  19
  20 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'rnamotif',
  21                                 -file   => test_input_file('trna.strict.rnamotif'),
  22                                 -model => 'trna.descr',
  23                                 -query_acc => 'test',
  24                                 -database => 'gbrna.fas',
  25                                 -verbose => 2
  26                                );
  27
  28 $result = $searchio->next_result;
  29 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  30 $algorithm = $result->algorithm;
  31 is($result->algorithm, 'RNAMOTIF', "Result $algorithm");
  32 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
  33 is($result->algorithm_version, '3.0.3', "Result $algorithm version");
  34 is($result->database_entries, '', "Result entries");
  35 is($result->database_letters, '', "Result letters");
  36 is($result->database_name, 'gbrna.fas', "Result database_name");
  37 is($result->num_hits, 28, "Result num_hits");
  38 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
  39 is($result->query_accession, 'test', "Result query_accession");
  40 is($result->query_description, 'h5 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 h3 ss', "Result query_description");
  41 is($result->query_length, 0, "Result query_length");
  42 is($result->query_name, 'trna.strict.descr', "Result query_name");
  43
  44 $hit = $result->next_hit;
  45 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
  46 is($hit->accession, 'M10671', "Hit accession");
  47 is($hit->ncbi_gi, '173683', "Hit GI");
  48 is($hit->algorithm, 'RNAMOTIF', "Hit algorithm");
  49 is($hit->description, 'Avian oncornavirus Trp-tRNA',
  50    "Hit description"); # no hit descs yet
  51 is($hit->length, 0, "Hit length");
  52 is($hit->locus, 'ACSTRW', "Hit locus");
  53 is($hit->n, 8, "Hit n");
  54 is($hit->name, 'gi|173683|gb|M10671|ACSTRW', "Hit name");
  55 is($hit->num_hsps, 8, "Hit num_hsps");
  56 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
  57 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
  58 is($hit->raw_score, 0, "Hit raw_score");
  59 is($hit->score, 0, "Hit score");
  60 float_is($hit->significance, undef);
  61
  62 $hsp = $hit->next_hsp;
  63 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
  64 is($hsp->algorithm, 'RNAMOTIF', "HSP algorithm");
  65 float_is($hsp->evalue, undef);
  66 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
  67 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
  68 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
  69 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
  70
  71 # RNAMotif cannot build alignments
  72 eval{$hsp->get_aln};
  73 like($@, qr'Missing query string, can\'t build alignment','RNAMotif get_aln warning');
  74 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
  75 is($hsp->hit_string,
  76    'gacctcgtggcgcaacggtagcgcgtctgactccagatcagaaggctgcgtgttcgaatcacgtcggggtcacca',
  77    "HSP hit_string");
  78 is($hsp->homology_string,
  79    '',
  80    "HSP homology_string");
  81 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
  82 is($hsp->hsp_length, 75, "HSP hsp_length");
  83 is($hsp->length, 75, "HSP length");
  84 is($hsp->links, undef, "HSP links");
  85 is($hsp->n, 1,"HSP n");
  86 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
  87 is($hsp->query_string,
  88    '',
  89    "HSP query_string");
  90 is($hsp->range, 75, "HSP range");
  91 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
  92 float_is($hsp->significance, undef);
  93 is($hsp->end, 75, "HSP end");
  94 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
  95 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
  96 is($hsp->seq_str,
  97    '',
  98    "HSP seq_str");
  99 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 100 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 101 is($hsp->meta,
 102    '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....',
 103    "HSP meta");
 104 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 105 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 106 is($meta, '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....');
 107 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 108 is($meta, '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....');
 109