t/SearchIO/Writer/GbrowseGFF.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 4);
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my $in = Bio::SearchIO->new(-format => 'blast',
  15                             -file   => test_input_file('brassica_ATH.WUBLASTN'));
  16
  17 my $outfile = test_output_file();
  18
  19 my $out = Bio::SearchIO->new(-output_format  => 'GbrowseGFF',
  20                             -prefix => 'Sequence',
  21                             -output_cigar   => 1,
  22                             -output_signif  => 1,
  23                             -file           => ">$outfile");
  24 ok($out);
  25 while( my $r = $in->next_result ) {
  26     ok($out->write_result($r));
  27 }
  28
  29 ok(-s $outfile);
  30
  31 # tests checking file output?