t/Root/Utilities.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 56);
  11
  12     use_ok('Bio::Root::Utilities');
  13 }
  14
  15 # Object creation
  16 my $u = Bio::Root::Utilities->new();
  17 isa_ok($u, 'Bio::Root::Utilities') ;
  18
  19 # month2num() and num2month()
  20
  21 my @month = qw(XXX Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec);
  22 for my $i (1 .. 12) {
  23   is $u->month2num($month[$i]), $i;
  24   is $u->num2month($i), $month[$i];
  25 }
  26
  27 # untaint()
  28
  29 is $u->untaint(''), '';
  30 is $u->untaint('nice string'), 'nice string';
  31 is $u->untaint('bad *?&^$! string'), 'bad ';
  32 is $u->untaint( q{100% relaxed&;''\"|*?!~<>^()[]{}$}, 1 ), '100% relaxed';
  33
  34 # mean_stdev()
  35
  36 my($mu,$sd);
  37
  38 ($mu,$sd) = $u->mean_stdev();
  39 is $mu, undef;
  40 is $sd, undef;
  41
  42 ($mu,$sd) = $u->mean_stdev(42);
  43 is $mu, 42;
  44 is $sd, undef;
  45
  46 ($mu,$sd) = $u->mean_stdev(-1,0,1);
  47 is $mu, 0;
  48 is $sd, 1;
  49
  50 # file_date(), file_flavor(), date_format()
  51
  52 my $file = test_input_file('test.txt');
  53 my $file2 = test_input_file('test 2.txt');
  54 my $fdate = $u->file_date($file);
  55 like $fdate ,  qr/\d{4}-\d{2}-\d{2}/, 'file_date()';
  56 ok $u->file_flavor($file), 'unix (\n or 012 or ^J)';
  57
  58 my $date = $u->date_format();
  59 like $date, qr/\d{4}-\d{2}-\d{2}/, 'date format';
  60 my $date2 = $u->date_format('yyyy-mmm-dd', $date);
  61 like $date2 , qr/\d{4}-[a-z]{3}-\d{2}/i, 'date format';
  62 my $date3 = $u->date_format('mdhms');
  63 like $date3 , qr/[a-z]{3}\d{1,2} \d{1,2}:\d{1,2}:\d{1,2}/, 'date format';
  64 my $date4 = $u->date_format('d-m-y', '11/22/60');
  65 like $date4 , qr/\d{1,2}-[a-z]{3}-\d{4}/i, 'date format';
  66 my $date5 = $u->date_format('mdy', '1/5/01');
  67 like $date5 , qr/[a-z]{3} \d{1,2}, \d{4}/i, 'date format';
  68
  69 # External executable-related functions.
  70
  71 my $exe = $u->find_exe('some-weird-thing-no-one-will-have');
  72 ok ! defined $exe ;
  73
  74 # compress() and uncompress() using gzip.
  75 SKIP: {
  76     my $gzip = $u->find_exe('gzip');
  77     skip "gzip not found, skipping gzip tests", 12 unless $gzip;
  78     ok -x $gzip;
  79
  80     # test compression/decompression of a simple file
  81     my $zfile = $u->compress($file);
  82
  83     # In Windows, the folder separator '\' may brake
  84     # the following qr{}, so change it to '/'
  85     $zfile =~ s'\\'/'g;
  86     $file  =~ s'\\'/'g;
  87
  88     like $zfile, qr/$file.gz|tmp.bioperl.gz/;
  89     ok -s $zfile;
  90     if ($zfile =~ /tmp.bioperl.gz/) {
  91         ok -e $file;
  92     }
  93     else {
  94         ok ! -e $file;
  95     }
  96     my $unzfile = $u->uncompress($zfile);
  97     ok ! -e $zfile;
  98     ok -e $file;
  99
 100     # test compression/decompression of a filename with spaces keeping the original intact
 101     my $zfile2 = $file2.'.gz';
 102     my $return = $u->compress(-file => $file2, -outfile => $zfile2, -tmp => 1);
 103     is $return, $zfile2;
 104     ok -e $zfile2;
 105     ok -e $file2;
 106     unlink $file2 or die "Problem deleting $file2: $!\n";
 107     $return = $u->uncompress(-file => $zfile2, -outfile => $file2, -tmp => 1);
 108     is $return, $file2;
 109     ok -e $file2;
 110     ok -e $zfile2;
 111     unlink $zfile2 or die "Problem deleting $zfile2: $!\n";
 112 }
 113
 114 # send_mail()
 115
 116 # $u->send_mail(-to=>'sac@bioperl.org',  # <--- your address here!
 117 #               -subj=>'Root-Utilities.t',
 118 #               -msg=>'Hey, your send_mail() method works!');