t/Alphabet.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 100);
  10
  11         use_ok('Bio::Symbol::Alphabet');
  12         use_ok('Bio::Symbol::Symbol');
  13         use_ok('Bio::Symbol::DNAAlphabet');
  14         use_ok('Bio::Symbol::ProteinAlphabet');
  15 }
  16
  17 my $A = Bio::Symbol::Symbol->new(-token => 'A' );
  18 my $U = Bio::Symbol::Symbol->new(-token => 'U' );
  19 my $G = Bio::Symbol::Symbol->new(-token => 'G' );
  20 my $T = Bio::Symbol::Symbol->new(-token => 'T' );
  21
  22 my $rna = Bio::Symbol::Alphabet->new( -symbols => [ $A, $U, $G, $T ] );
  23
  24 isa_ok($rna, 'Bio::Symbol::Alphabet');
  25 my @symbols = $rna->symbols;
  26 is(scalar @symbols, 4);
  27
  28 ok($rna->contains($A));
  29 ok($rna->contains($T));
  30 ok($rna->contains($U));
  31 ok($rna->contains($G));
  32
  33 my $dna = Bio::Symbol::DNAAlphabet->new();
  34 isa_ok($dna, 'Bio::Symbol::AlphabetI');
  35 my $count = 0;
  36
  37 my @dnasymbols = sort qw( A B C D G H K M N R S T U V W X Y );
  38 foreach my $s ( sort { $a->name cmp $b->name } $dna->symbols ) {
  39     is($s->name, $dnasymbols[$count]);
  40     is($s->token, $dnasymbols[$count++]);
  41 }
  42
  43 my $prot = Bio::Symbol::ProteinAlphabet->new();
  44 isa_ok($prot, 'Bio::Symbol::AlphabetI');
  45
  46 my @protsymbols = sort qw( * A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z);
  47 my %h = (
  48          'Ala' => 'A',     'Asx' => 'B',     'Cys' => 'C',     'Asp' => 'D',
  49          'Glu' => 'E',     'Phe' => 'F',     'Gly' => 'G',     'His' => 'H',
  50          'Ile' => 'I',     'Lys' => 'K',     'Leu' => 'L',     'Met' => 'M',
  51          'Asn' => 'N',     'Pro' => 'P',     'Gln' => 'Q',     'Arg' => 'R',
  52          'Ser' => 'S',     'Thr' => 'T',     'Val' => 'V',     'Trp' => 'W',
  53          'Xaa' => 'X',     'Tyr' => 'Y',     'Glx' => 'Z',     'Ter' => '*',
  54          'Sec' => 'U',     'Pyl' => 'O',     'Xle' => 'J',
  55          );
  56 my @protnms = sort { $h{$a} cmp $h{$b} } keys %h;
  57 $count = 0;
  58 foreach my $s ( sort { $a->token cmp $b->token } $prot->symbols ) {
  59     is($s->name, $protnms[$count]);
  60     is($s->token, $protsymbols[$count++]);
  61 }