t/AlignIO/stockholm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: AlignIO_stockholm.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 75);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # STOCKHOLM (multiple concatenated files)
  20 # Rfam
  21 $str  = Bio::AlignIO->new(
  22     '-file'     => test_input_file("rfam_tests.stk"),
  23     '-format'   => 'stockholm');
  24 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => ">".test_output_file(),
  25                 '-format' => 'stockholm', );
  26
  27 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  28 $aln = $str->next_aln();
  29 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  30 is($aln->source, 'stockholm');
  31 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Z11765.1/1-89');
  32 is($aln->accession, 'RF00006');
  33 is($aln->id, 'Vault');
  34 is($aln->description,'Vault RNA');
  35 # annotation
  36 my ($ann) = $aln->annotation->get_Annotations('alignment_comment');
  37 isa_ok($ann, 'Bio::Annotation::Comment');
  38 is($ann->text,'This family of RNAs are found as part of the enigmatic vault'.
  39    ' ribonucleoprotein complex. The complex consists of a major vault protein'.
  40    ' (MVP), two minor vault proteins (VPARP and TEP1), and several small '.
  41    'untranslated RNA molecules. It has been suggested that the vault complex '.
  42    'is involved in drug resistance. We have identified a putative novel vault '.
  43    'RNA on chromosome 5 EMBL:AC005219.','Stockholm annotation');
  44 is($ann->tagname,'alignment_comment','Stockholm annotation');
  45
  46 # test output
  47 $status = $strout->write_aln($aln);
  48 is $status, 1, "stockholm output test";
  49
  50 $aln = $str->next_aln();
  51 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  52 is($aln->source, 'stockholm');
  53 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'L43844.1/2-149');
  54 is($aln->get_seq_by_pos(1)->version, '1');
  55 is($aln->accession, 'RF00007');
  56 is($aln->id, 'U12');
  57 is($aln->description,'U12 minor spliceosomal RNA');
  58 my @anns = $aln->annotation->get_Annotations('reference');
  59 $ann = shift @anns;
  60 isa_ok($ann, 'Bio::Annotation::Reference', 'Stockholm annotation');
  61 $ann = shift @anns;
  62 is($ann->pubmed,'9149533', 'Stockholm annotation');
  63 is($ann->title,
  64    'Pre-mRNA splicing: the discovery of a new spliceosome doubles the challenge.',
  65    'Stockholm annotation');
  66 is($ann->authors,'Tarn WY, Steitz JA;', 'Stockholm annotation');
  67 is($ann->location,'Trends Biochem Sci 1997;22:132-137.', 'Stockholm annotation');
  68 # alignment meta data
  69 my $meta = $aln->consensus_meta;
  70 isa_ok($meta, 'Bio::Seq::MetaI');
  71 my ($name) = $meta->meta_names;
  72 is($name,'SS_cons', 'Rfam meta data');
  73 my $meta_str = $meta->named_meta($name);
  74 is($meta_str, '...<<<<<..........>>>>>........<<<<......<<<<......>>>>>>>>'.
  75    '<<<<<.......>>>>>...........<<<<<<<...<<<<<<<.....>>>>>>>.>>>>>>>..<<<'.
  76    '<<<<<<.........>>>>>>>>>...', 'Rfam meta data');
  77 $aln = $str->next_aln();
  78 is($aln->source, 'stockholm');
  79 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  80 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AJ295015.1/1-58');
  81 is($aln->accession, 'RF00008');
  82 is($aln->id, 'Hammerhead_3');
  83 is($aln->description,'Hammerhead ribozyme (type III)');
  84 # alignment meta data
  85 $meta = $aln->consensus_meta;
  86 isa_ok($meta, 'Bio::Seq::MetaI');
  87 ($name) = $meta->meta_names;
  88 is($name,'SS_cons', 'Rfam meta data');
  89 $meta_str = $meta->named_meta($name);
  90 is($meta_str, '.<<<<<<..<<<<<.........>>>>>.......<<<<.....................'.
  91    '...........>>>>...>>>>>>.', 'Rfam meta data');
  92
  93 # STOCKHOLM (Pfam)
  94 $str  = Bio::AlignIO->new(
  95     '-file'     => test_input_file("pfam_tests.stk"),
  96     '-format'   => 'stockholm');
  97 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  98 $aln = $str->next_aln();
  99 is($aln->source, 'stockholm');
 100 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 101 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'RAD25_SCHPO/5-240');
 102 is($aln->accession, 'PF00244.9');
 103 is($aln->id, '14-3-3');
 104 is($aln->description,'14-3-3 protein');
 105 ($ann) = $aln->annotation->get_Annotations('gathering_threshold');
 106 isa_ok($ann, 'Bio::Annotation::SimpleValue');
 107 is($ann->display_text, '25.00 25.00; 25.00 25.00;', 'Pfam annotation');
 108 $aln = $str->next_aln();
 109 is($aln->source, 'stockholm');
 110 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 111 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'COMB_CLOAB/6-235');
 112 is($aln->accession, 'PF04029.4');
 113 is($aln->id, '2-ph_phosp');
 114 is($aln->description,'2-phosphosulpholactate phosphatase');
 115 $aln = $str->next_aln();
 116 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 117 is($aln->source, 'stockholm');
 118 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Y278_HAEIN/174-219');
 119 is($aln->accession, 'PF03475.3');
 120 is($aln->id, '3-alpha');
 121 is($aln->description,'3-alpha domain');
 122 # alignment meta data
 123 $meta = $aln->consensus_meta;
 124 isa_ok($meta, 'Bio::Seq::MetaI');
 125 my %test_data = ('SA_cons'  => '6000320010013274....3372052026033.108303630350385563',
 126                  'SS_cons'  => 'SCBHHHHHHHHHTSCC....CHHHHHHHHTSTT.CCHHHHHHHHHHHHHSSC',
 127                  'seq_cons' => 'plTVtclsclhasc......stphLcphLshss.Lupsa+cohpK+lspshs',);
 128 for my $name ($meta->meta_names) {
 129     ok(exists $test_data{$name}, 'Pfam aln meta data');
 130     $meta_str = $meta->named_meta($name);
 131     is($meta_str, $test_data{$name}, 'Pfam aln meta data');
 132 }
 133 %test_data = ();
 134 # sequence meta data
 135 %test_data = ('SA'  => '6000320010013274....3372052026033.108303630350385563',
 136               'SS'  => 'SCBHHHHHHHHHTSCC....CHHHHHHHHTSTT.CCHHHHHHHHHHHHHSSC');
 137 for my $seq ($aln->each_seq) {
 138     for my $name ($seq->meta_names) {
 139         ok(exists $test_data{$name}, 'Pfam seq meta data');
 140         is($seq->named_meta($name), $test_data{$name}, 'Pfam seq meta data');
 141     }
 142 }
 143
 144 # sequence-specific alignments
 145 # this is a kludge for now until we can get a better class system in place (but
 146 # it works for now)
 147 my ($seqann) = $aln->annotation->get_Annotations('seq_annotation');
 148 isa_ok($seqann, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 149 @anns = $seqann->get_all_Annotations();
 150 is(scalar(@anns),6);
 151 isa_ok($anns[0], 'Bio::AnnotationI');
 152 is($anns[1]->comment, 'NSE: YIIM_ECOLI/168-214 Start: 178 End: 224');
 153 is($anns[2]->database, 'PDB');
 154 is($anns[2]->primary_id, '1o65');
 155 is($anns[2]->optional_id, 'C');