t/SearchIO/megablast.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_megablast.t 14995 2008-11-16 06:20:00Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 31);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result, $hit, $hsp);
  16
  17 # this is megablast output type 0
  18 my $in = Bio::SearchIO->new(-file          => test_input_file('503384.MEGABLAST.0'),
  19                         -report_format => 0,
  20                         -format        => 'megablast');
  21 my $r = $in->next_result;
  22 my @dcompare = (
  23               ['Contig634', 7620, 7941, 1, 1, 321, -1],
  24               ['Contig1853', 6406, 6620, 1, 1691, 1905, 1],
  25               ['Contig3700', 8723,9434, 1, 4083, 4794, -1],
  26               ['Contig3997', 1282, 1704, 1, 1546, 1968,-1 ],
  27               );
  28
  29 is($r->query_name, '503384');
  30
  31 while( my $hit = $r->next_hit ) {
  32     my $d = shift @dcompare;
  33     is($hit->name, shift @$d);
  34     my $hsp = $hit->next_hsp;
  35     is($hsp->query->start, shift @$d);
  36     is($hsp->query->end, shift @$d);
  37     is($hsp->query->strand, shift @$d);
  38     is($hsp->hit->start, shift @$d);
  39     is($hsp->hit->end, shift @$d);
  40     is($hsp->hit->strand, shift @$d);
  41 }
  42 is(@dcompare, 0);
  43