t/obo_parser.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 83,
  11                            -requires_module => 'Graph');
  12
  13         use_ok('Bio::OntologyIO');
  14         use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  15 }
  16
  17 my $IS_A    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "IS_A" );
  18 my $PART_OF = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "PART_OF" );
  19
  20 my $parser = Bio::OntologyIO->new(
  21                       -format    => "obo",
  22                       -file      => test_input_file('so.obo'));
  23
  24 my $ont = $parser->next_ontology();
  25 ok ($ont);
  26 is ($ont->name(), "sequence");
  27
  28 my @roots = $ont->get_root_terms();
  29 is (scalar(@roots), 1);
  30 is ($roots[0]->name(), "Sequence_Ontology");
  31 is ($roots[0]->identifier(), "SO:0000000");
  32
  33 my @terms = $ont->get_child_terms($roots[0]);
  34 is (scalar(@terms), 5);
  35 my ($term) = grep { $_->name() eq "variation_operation"; } @terms;
  36 ok $term;
  37 ($term) = grep { $_->name() eq "sequence_attribute"; } @terms;
  38 ok $term;
  39 ($term) = grep { $_->name() eq "consequences_of_mutation"; } @terms;
  40 ok $term;
  41 ($term) = grep { $_->name() eq "chromosome_variation"; } @terms;
  42 ok $term;
  43 ($term) = grep { $_->name() eq "located_sequence_feature"; } @terms;
  44 ok $term;
  45
  46 @terms = $ont->get_child_terms($terms[0]);
  47 is (scalar(@terms), 5);
  48 ($term) = grep { $_->name() eq "translocate"; } @terms;
  49 ok $term;
  50 ($term) = grep { $_->name() eq "delete"; } @terms;
  51 ok $term;
  52 ($term) = grep { $_->name() eq "insert"; } @terms;
  53 ok $term;
  54 ($term) = grep { $_->name() eq "substitute"; } @terms;
  55 ok $term;
  56 ($term) = grep { $_->name() eq "invert"; } @terms;
  57 ok $term;
  58
  59 my $featterm = $terms[0];
  60 @terms = $ont->get_child_terms($featterm);
  61 is (scalar(@terms), 2);
  62
  63 # substitution has two parents, see whether this is handled
  64 @terms = $ont->find_terms(-name => "substitution");
  65 $term =  $terms[0];
  66 is ($term->name(), "substitution");
  67
  68 # search using obo terms;
  69 @terms = $ont->find_identically_named_terms($term);
  70 is scalar @terms, 1;
  71 @terms = $ont->find_identical_terms($term);
  72 is scalar @terms, 1;
  73 @terms = $ont->find_similar_terms($term);
  74 is scalar @terms, 7;
  75
  76 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
  77 is (scalar(@terms), 6);
  78 is (scalar(grep { $_->name() eq "region"; } @terms), 1);
  79 is (scalar(grep { $_->name() eq "sequence_variant"; } @terms), 1);
  80
  81 # processed_transcript has part-of and is-a children
  82
  83 @terms = $ont->find_terms(-name => "processed_transcript");;
  84 $term = $terms[0];
  85
  86 @terms = $ont->get_child_terms($term);
  87 is (scalar(@terms), 5);
  88 @terms = $ont->get_child_terms($term, $PART_OF);
  89 is (scalar(@terms), 2);
  90 @terms = $ont->get_child_terms($term, $IS_A);
  91 is (scalar(@terms), 3);
  92 @terms = $ont->get_child_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
  93 is (scalar(@terms), 5);
  94
  95 # TF_binding_site has 2 parents and different relationships in the two
  96 # paths up (although the relationships to its two parents are of the
  97 # same type, namely is-a)
  98 @terms = $ont->find_terms(-name => "TF_binding_site");;
  99 $term = $terms[0];
 100
 101 @terms = $ont->get_parent_terms($term);
 102 is (scalar(@terms), 2);
 103 my ($pterm) = grep { $_->name eq "regulatory_region"; } @terms;
 104 ok $pterm;
 105 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $PART_OF);
 106 is (scalar(@terms), 0);
 107 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $IS_A);
 108 is (scalar(@terms), 2);
 109 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
 110 is (scalar(@terms), 2);
 111
 112
 113 # pull out all relationships
 114 my @rels = $ont->get_relationships();
 115 my @relset = grep { $_->object_term->name eq "Sequence_Ontology"; } @rels;
 116 is (scalar(@relset), 5);
 117 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "Sequence_Ontology"; } @rels;
 118 is (scalar(@relset), 0);
 119
 120 # relationships for a specific term only
 121 ($term) = $ont->find_terms(-identifier => "SO:0000082");
 122 ok ($term);
 123 is ($term->identifier, "SO:0000082");
 124 is ($term->name, "processed_transcript_attribute");
 125 @rels = $ont->get_relationships($term);
 126 is (scalar(@rels), 5);
 127 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A"; } @rels;
 128 is (scalar(@relset), 5);
 129 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000082"; } @rels;
 130 is (scalar(@relset), 4);
 131 @relset = grep { $_->subject_term->identifier eq "SO:0000082"; } @rels;
 132 is (scalar(@relset), 1);
 133
 134
 135
 136
 137 #### --- testing obo parsers for regulates relationships
 138 my $parser2 = Bio::OntologyIO->new (
 139          -format => 'obo',
 140          -file => test_input_file('regulation_test.obo'));
 141
 142 isa_ok($parser2,'Bio::OntologyIO', 'got a ontology IO handler');
 143
 144 my @ontologies;
 145 while (my $ont = $parser2->next_ontology()) {
 146          isa_ok($ont,'Bio::Ontology::Ontology','got ontology parser2');
 147          isa_ok($ont->engine,'Bio::Ontology::OBOEngine','got OBO engine object');
 148          push @ontologies,$ont;
 149 }
 150
 151 my $molont = $ontologies[1];
 152 my $bioont = $ontologies[2];
 153 is($ontologies[0]->name(),'gene_ontology','Gene ontology');
 154 is($bioont->name(),'biological_process','biological process');
 155 is($molont->name(),'molecular_function','molecular function');
 156
 157 my ($broot) = $bioont->get_root_terms();
 158 is($broot->name(),'biological_process','Got root');
 159
 160
 161 my ($mroot) = $molont->get_root_terms();
 162 is($mroot->name(),'molecular_function','Got root');
 163
 164
 165 ## -- testing newly introduced relationships
 166 is($ontologies[0]->get_relationship_type('REGULATES')->name,'REGULATES','Got regulates
 167          from gene_ontology');
 168 is($ontologies[0]->get_relationship_type('POSITIVELY_REGULATES')->name,'POSITIVELY_REGULATES','Got
 169          positively regulates from gene_ontology');
 170 is($bioont->get_relationship_type('REGULATES')->name,'REGULATES','Got
 171           regulates from biological_process');
 172 is($bioont->get_relationship_type('POSITIVELY_REGULATES')->name,'POSITIVELY_REGULATES','Got
 173          positively regulates from biological_process');
 174
 175
 176 ## -- getting relationships for various ontologies
 177 my @onto_pred = $ontologies[0]->get_predicate_terms();
 178 my @bio_pred =  $bioont->get_predicate_terms();
 179 is(scalar @onto_pred,6,'Got predicates for gene_ontology');
 180 is(scalar @bio_pred,2,'Got predicates for biological_process');
 181 is($onto_pred[3]->name(),'REGULATES','Got regulates predicate');
 182 is($bio_pred[1]->name(),'POSITIVELY_REGULATES','Got positively regulates predicate');
 183
 184
 185 my @bio_rel = $bioont->get_relationships();
 186 my @mol_rel = $molont->get_relationships();
 187 is(scalar @bio_rel,11,'Got relationships for biological_process');
 188 is(scalar @mol_rel,2,'Got relationships for molecular_function');
 189 is($mol_rel[0]->predicate_term->name(),'IS_A','Got is a relationship from
 190          molecular_function');
 191 ## ----
 192
 193
 194 ## -- testing the regulates relationships between term1s
 195 my $REG = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance('REGULATES');
 196 my $PREG = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance('POSITIVELY_REGULATES');
 197
 198 my ($term1) = $bioont->find_terms(-identifier => 'GO:0050790');
 199 isa_ok($term1,'Bio::Ontology::Term','Got term object');
 200 is($term1->identifier(),'GO:0050790', 'Got term id');
 201 is($term1->name(),'regulation of catalytic activity', 'Got term name');
 202
 203 my ($parent) = $bioont->get_parent_terms($term1,$REG);
 204 isa_ok($parent,'Bio::Ontology::Term','Got regulated object');
 205 is($parent->identifier(),'GO:0003824','Got regulated term1 id');
 206
 207 ## -- now testing the other way
 208 my ($child) = $bioont->get_child_terms($parent,$REG);
 209 isa_ok($child,'Bio::Ontology::Term','Got term1 object');
 210 is($child->identifier(),$term1->identifier(),'Got back the child');
 211
 212 my ($term2) = $bioont->find_terms(-identifier => 'GO:0043085');
 213 isa_ok($term2,'Bio::Ontology::Term','Got term object');
 214 is($term2->identifier(),'GO:0043085', 'Got term id');
 215 is($term2->name(),'positive regulation of catalytic activity', 'Got term name');
 216
 217 my ($parent2) = $bioont->get_parent_terms($term2,$PREG);
 218 isa_ok($parent2,'Bio::Ontology::Term','Got regulated object');
 219 is($parent2->identifier(),'GO:0003824','Got regulated term1 id');
 220 is($parent->name(),$parent2->name(),'Got identical regulation');
 221
 222
 223 my ($child2) = $bioont->get_child_terms($parent2,$PREG);
 224 isa_ok($child2,'Bio::Ontology::Term','Got term1 object');
 225 is($child2->identifier(),$term2->identifier(),'Got back the child');
 226
 227
 228
 229
 230
 231
 232
 233