t/UniGene.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 73);
  11
  12         use_ok('Bio::ClusterIO');
  13 }
  14
  15 my ($str, $unigene); # predeclare variables for strict
  16
  17 $str = Bio::ClusterIO->new('-file' => test_input_file('unigene.data'), '-format' => "unigene");
  18 ok $str, 'new Bio::ClusterIO object defined';
  19
  20 ok ( defined ($unigene = $str->next_cluster()));
  21
  22 # check interface implementations to be sure
  23 isa_ok $unigene, "Bio::Cluster::UniGeneI";
  24 isa_ok $unigene, "Bio::ClusterI";
  25 isa_ok $unigene, "Bio::IdentifiableI";
  26 isa_ok $unigene, "Bio::DescribableI";
  27
  28 # test specific instance of unigene record provided in the unigene.data file
  29 is ($unigene->unigene_id, 'Hs.2');
  30 is ($unigene->title, 'N-acetyltransferase 2 (arylamine N-acetyltransferase)');
  31 is ($unigene->gene, 'NAT2');
  32 is ($unigene->cytoband,'8p22');
  33 is ($unigene->gnm_terminus,'S');
  34 is ($unigene->homol,'YES');
  35 is ($unigene->restr_expr,'liver');
  36 is ($unigene->scount,26);
  37 is (scalar @{ $unigene->locuslink }, 1);
  38 is (scalar @{ $unigene->chromosome }, 1);
  39 is (scalar @{ $unigene->express }, 7);
  40 is (scalar @{ $unigene->sts }, 8);
  41 is (scalar @{ $unigene->txmap }, 0);
  42 is (scalar @{ $unigene->protsim } , 4);
  43 is (scalar @{ $unigene->sequences },26);
  44
  45 is ($unigene->locuslink->[0], '10');
  46 is ($unigene->chromosome->[0], '8');
  47 is ($unigene->express->[0], 'liver');
  48 is ($unigene->sts->[0], 'ACC=G59899 UNISTS=137181');
  49 is ($unigene->protsim->[0], 'ORG=Escherischia coli; PROTGI=16129422; PROTID=ref:NP_415980.1; PCT=24.81; ALN=255');
  50
  51 my ($seq1) = $unigene->next_seq;
  52 is ($seq1->display_id, 'BX095770');
  53
  54 # test recognition of species
  55
  56 SKIP: {
  57         # TODO? why wouldn't it be available? Bug if not? Remove this skip?
  58         skip 'species not available', 'species test' unless defined $unigene->species;
  59         is $unigene->species->binomial, "Homo sapiens" ;
  60 }
  61
  62
  63 # test accessors of interfaces
  64 is  ($seq1->namespace, "GenBank");
  65 is  ($seq1->authority, "NCBI");
  66 is  ($seq1->alphabet, "dna");
  67 my $n = 1; # we've seen already one seq
  68 while($seq1 = $unigene->next_seq()) {
  69     $n++;
  70 }
  71 is  ($n, 26);
  72 is  ($unigene->size(), 26);
  73 is  (scalar($unigene->get_members()), 26);
  74 is  ($unigene->description, 'N-acetyltransferase 2 (arylamine N-acetyltransferase)');
  75 is  ($unigene->display_id, "Hs.2");
  76 is  ($unigene->namespace, "UniGene");
  77 is  ($unigene->authority, "NCBI");
  78
  79 $unigene->unigene_id('Hs.50');
  80 is ($unigene->unigene_id, 'Hs.50') || diag('unigene_id was ' . $unigene->unigene_id);
  81
  82 $unigene->title('title_test');
  83 is ($unigene->title, 'title_test') || diag('title was ' . $unigene->title);
  84
  85 $unigene->gene('gene_test');
  86 is ($unigene->gene, 'gene_test') || diag('gene was ' . $unigene->gene);
  87
  88 $unigene->cytoband('cytoband_test');
  89 is ($unigene->cytoband, 'cytoband_test') || diag('cytoband was ' . $unigene->cytoband);
  90
  91 $unigene->gnm_terminus('gnm_terminus_test');
  92 is ($unigene->gnm_terminus, 'gnm_terminus_test') || diag('gnm_terminus was ' . $unigene->gnm_terminus);
  93
  94 $unigene->homol('homol_test');
  95 is ($unigene->homol, 'homol_test') || diag('homol was ' . $unigene->homol);
  96
  97 $unigene->restr_expr('restr_expr_test');
  98 is ($unigene->restr_expr, 'restr_expr_test') || diag('restr_expr was ' . $unigene->restr_expr);
  99
 100 $unigene->scount('scount_test');
 101 is ($unigene->scount, 'scount_test') || diag('scount was ' . $unigene->scount);
 102
 103 my $seq = $unigene->next_seq;
 104 $seq = $unigene->next_seq;
 105 isa_ok ($seq, 'Bio::PrimarySeqI') || diag('expected a Bio::PrimarySeq object but got a ' . ref($seq));
 106 my $accession = $seq->accession_number;
 107 is ($accession, 'AI262683');
 108 my $version = $seq->seq_version();
 109 is ($version, 1);
 110
 111 # test the sequence parsing is working
 112 my $ac = $seq->annotation();
 113 my $simple_ann_object;
 114 ($simple_ann_object) = $ac->get_Annotations('seqtype');
 115 ok defined $simple_ann_object, 'annotation object defined';
 116 is ($simple_ann_object->value(), 'EST') || diag('seqtype was ' . $simple_ann_object->value);
 117
 118 # test PERIPHERAL, bug 1708
 119 $seq = $unigene->next_seq;
 120 $accession = $seq->accession_number;
 121 is ($accession, 'CB161982');
 122
 123 my @acs = $seq->annotation->get_Annotations('peripheral');
 124 is  $acs[0]->display_text, 1;
 125
 126 # tests not specific to unigene record provided in the unigene.data file
 127 my @locuslink_test = ( "58473", "5354" );
 128 $unigene->locuslink(\@locuslink_test);
 129 my @locuslink_results;
 130 while (my $locuslink = $unigene->next_locuslink) {
 131         push @locuslink_results, $locuslink;
 132 }
 133 is(scalar(@locuslink_results), 2) || diag('expected locuslink to have 2 entries but it had ' . scalar(@locuslink_results));
 134 my $locuslink = shift @locuslink_results;
 135 is( $locuslink, '58473') || diag('expected 58473 but got ' . $locuslink);
 136
 137
 138 my @express_test = qw( kidney heart liver spleen );
 139 $unigene->express(\@express_test);
 140 my @express_results;
 141 while (my $tissue = $unigene->next_express) {
 142         push @express_results, $tissue;
 143 }
 144 is(  scalar(@express_results), 4) || diag('expected express to have 4 entries but it had ' . scalar(@express_results));
 145
 146 my @chromosome_test = ( "7", "11" );
 147 $unigene->chromosome(\@chromosome_test);
 148 my @chromosome_results;
 149 while (my $chromosome = $unigene->next_chromosome) {
 150         push @chromosome_results, $chromosome;
 151 }
 152 is( scalar(@chromosome_results), 2) || diag('expected chromosome to have 2 entries but it had ' . scalar(@chromosome_results));
 153 my $chromosome = shift @chromosome_results;
 154 is(  $chromosome, '7') || diag('expected 7 but got ' . $chromosome);
 155
 156 my @sts_test = ( "ACC=- NAME=sts-D90276 UNISTS=37687", "ACC=G29786 NAME=SHGC-35230 UNISTS=58455" );
 157 $unigene->sts(\@sts_test);
 158 my @sts_results;
 159 while (my $sts = $unigene->next_sts) {
 160         push @sts_results, $sts;
 161 }
 162 is(scalar(@sts_results), 2) || diag('expected sts to have 2 entries but it had ' . scalar(@sts_results));
 163 my $sts = shift @sts_results;
 164 is($sts, 'ACC=- NAME=sts-D90276 UNISTS=37687') || diag('expected ACC=- NAME=sts-D90276 UNISTS=37687 but got ' . $sts);
 165
 166 my @txmap_test = ("D19S425-D19S418; MARKER=sts-D90276; RHPANEL=GB4" , "D19S425-D19S418; MARKER=stSG41396; RHPANEL=GB4");
 167 $unigene->txmap(\@txmap_test);
 168 my @txmap_results;
 169 while (my $txmap = $unigene->next_txmap) {
 170         push @txmap_results, $txmap;
 171 }
 172 is(scalar(@txmap_results), 2) || diag('expected txmap to have 2 entries but it had ' . scalar(@txmap_results));
 173 my $txmap = shift @txmap_results;
 174 is ($txmap, 'D19S425-D19S418; MARKER=sts-D90276; RHPANEL=GB4') || diag('expected D19S425-D19S418; MARKER=sts-D90276; RHPANEL=GB4 but got ' . $txmap);
 175
 176 my @protsim_test = ("ORG=Homo sapiens; PROTGI=107211; PROTID=pir:A40428; PCT=100; ALN=243" , "ORG=Mus musculus; PROTGI=2497288; PROTID=sp:Q61400; PCT=42; ALN=143");
 177 $unigene->protsim(\@protsim_test);
 178 my @protsim_results;
 179 while (my $protsim = $unigene->next_protsim) {
 180     push @protsim_results, $protsim;
 181 }
 182 is (scalar(@protsim_results), 2) || diag('expected protsim to have 2 entries but it had ' . scalar(@protsim_results));
 183 my $protsim = shift @protsim_results;
 184 is ($protsim, 'ORG=Homo sapiens; PROTGI=107211; PROTID=pir:A40428; PCT=100; ALN=243') || diag('expected ORG=Homo sapiens; PROTGI=107211; PROTID=pir:A40428; PCT=100; ALN=243 but got ' . $protsim);
 185
 186
 187
 188 # do a quick test on Rn record included as the next cluster in the
 189 # test data file because it has version numbers tacked on the end of
 190 # the accession numbers in each seq line - NCBI has started doing this
 191 # now (Sept 2003).
 192
 193 $unigene = $str->next_cluster();
 194 $seq = $unigene->next_seq;
 195 isa_ok ($seq,'Bio::PrimarySeqI') || diag( 'expected a Bio::PrimarySeq object but got a ' . ref($seq));
 196 $version = $seq->seq_version();
 197 is($version, '1');
 198
 199 # next cluster contains a // in the title - yes NCBI did that. Nonetheless,
 200 # this should not trip up the parser:
 201
 202 $unigene = $str->next_cluster();
 203 ok ($unigene, 'next cluster'); # previously this would have been undef
 204 is  ($unigene->unigene_id, "Mm.340763");
 205 is ($unigene->title, 'Transcribed locus, strongly similar to NP_003008.1 splicing factor, arginine/serine-rich 3; splicing factor, arginine//serine-rich, 20-kD [Homo sapiens]');
 206 is ($unigene->homol, 'YES');
 207 is ($unigene->scount, 31);
 208 is (scalar($unigene->get_members()), 31);