INSTALL

   1 # $Id$
   2
   3                           Installing Bioperl for Unix
   4
   5      *  BIOPERL INSTALLATION
   6      *  SYSTEM REQUIREMENTS
   7      *  OPTIONAL
   8      *  ADDITIONAL INSTALLATION INFORMATION
   9      *  THE BIOPERL BUNDLE
  10      *  INSTALLING BIOPERL THE EASY WAY USING CPAN
  11      *  INSTALLING BIOPERL THE EASY WAY USING GNU 'make'
  12      *  WHERE ARE THE MAN PAGES?
  13      *  EXTERNAL PROGRAMS
  14           *  Environment Variables
  15      *  INSTALLING BIOPERL SCRIPTS
  16      *  INSTALLING BIOPERL IN A PERSONAL MODULE AREA
  17      *  INSTALLING BIOPERL MODULES THE HARD WAY
  18      *  USING MODULES NOT INSTALLED IN THE STANDARD LOCATION
  19      *  THE TEST SYSTEM
  20      *  BUILDING THE OPTIONAL bioperl-ext PACKAGE
  21           *  CONFIGURING for BSD and Solaris boxes
  22           *  INSTALLATION
  23      *  DEPENDENCIES AND Bundle::BioPerl
  24      *  Notes
  25
  26 BIOPERL INSTALLATION
  27
  28 Bioperl has been installed on many forms of Unix,
  29 Win9X/NT/2000/XP, and on Mac OS X (see the PLATFORMS file for more
  30 details). Following are instructions for installing Bioperl for
  31 Unix/Linux/Mac OS X; Windows installation instructions can be found
  32 in INSTALL.WIN. For installing Bioperl for Mac OS X using Fink, see:
  33
  34 http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl#Mac_OS_X_using_fink
  35
  36 SYSTEM REQUIREMENTS
  37
  38     * Perl 5.6.1 or later; version 5.8 and greater are recommended.
  39
  40     * External modules: Bioperl uses functionality provided in other
  41       Perl modules. Some of these are included in the standard perl package
  42       but some need to be obtained from the CPAN site. The list of external
  43       modules is included at the bottom of this document.
  44
  45 The CPAN Bioperl Bundle (Bundle::BioPerl) makes installation of these
  46 external modules easy. Simply install the bundle using your CPAN shell and
  47 all necessary modules will be installed. See THE BIOPERL BUNDLE,
  48 below.
  49
  50 OPTIONAL
  51
  52    * ANSI C or GNU C compiler (gcc) for XS extensions (the
  53      bioperl-ext package; see BUILDING THE OPTIONAL bioperl-ext
  54      PACKAGE, below).
  55
  56 ADDITIONAL INSTALLATION INFORMATION
  57
  58    * Additional information on Bioperl and MAC OS:
  59       * OS 9 - http://bioperl.org/Core/mac-bioperl.html
  60       * OS X - http://www.tc.umn.edu/~cann0010/Bioperl_OSX_install.html
  61       * OS X - Installing using Fink (in Getting BioPerl)
  62
  63 THE BIOPERL BUNDLE
  64
  65 You typically need root privileges to install using CPAN. If you don't
  66 have these privileges please see INSTALLING BIOPERL IN A PERSONAL
  67 MODULE AREA for additional information.
  68
  69 Install Bundle::Bioperl using CPAN. One way:
  70
  71  >perl -MCPAN -e "install Bundle::BioPerl"
  72
  73 Another way:
  74
  75  >perl -MCPAN -e shell
  76  cpan>install Bundle::BioPerl
  77
  78
  79 INSTALLING BIOPERL THE EASY WAY USING CPAN
  80
  81 You can use the CPAN shell to install Bioperl. For example:
  82
  83  >perl -MCPAN -e shell
  84
  85 Then find the name of the Bioperl version you want:
  86
  87  cpan>d /bioperl/
  88  CPAN: Storable loaded ok
  89  Going to read /home/bosborne/.cpan/Metadata
  90  Database was generated on Tue, 24 Feb 2004 23:55:23 GMT
  91  DistributionB/BI/BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
  92  DistributionB/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
  93
  94 Now install:
  95
  96  cpan>install B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
  97
  98 If you've installed everything perfectly and all the network connections
  99 are working then you may pass all the tests run in the 'make test' phase.
 100 It's also possible that you may fail some tests. Possible explanations:
 101 problems with local Perl installation, network problems, previously
 102 undetected bug in Bioperl, flawed test script, problems with CGI
 103 script used for sequence retrieval at public database, and so on. Remember
 104 that there are over 700 modules in Bioperl and the test suite is running
 105 more than 9000 individual tests, a few failed tests may not affect your
 106 usage of Bioperl.
 107
 108 If you decide that the failed tests will not affect how you intend to use
 109 Bioperl and you'd like to install anyway do:
 110
 111  cpan>force install B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
 112
 113 This is what most experienced Bioperl users would do. However, if you're
 114 concerned about a failed test and need assistance or advice then contact
 115 bioperl-l@bioperl.org.
 116
 117 INSTALLING BIOPERL THE EASY WAY USING GNU 'make'
 118
 119 The advantage of this approach is it's stepwise, so it's easy to stop and
 120 analyze in case of any problem.
 121
 122 Download, then unpack the tar file. For example:
 123
 124  >gunzip bioperl-1.2.tar.gz
 125  >tar xvf bioperl-1.2.tar
 126  >cd bioperl-1.2
 127
 128 Now issue the make commands:
 129
 130  >perl Makefile.PL
 131  >make
 132  >make test
 133
 134 If you've installed everything perfectly and all the network connections
 135 are working then you may pass all the tests run in the 'make test' phase.
 136 It's also possible that you may fail some tests. Possible explanations:
 137 problems with local Perl installation, network problems, previously
 138 undetected bug in Bioperl, flawed test script, problems with CGI script
 139 using for sequence retrieval at public database, and so on. Remember that
 140 there are over 700 modules in Bioperl and the test suite is running almost
 141 9000 individual tests, a few failed tests may not affect your usage of
 142 Bioperl.
 143
 144 If you decide that the failed tests will not affect how you intend to use
 145 Bioperl and you'd like to install anyway do:
 146
 147  >make install
 148
 149 This is what most experienced Bioperl users would do. However, if you're
 150 concerned about a failed test and need assistance or advice then contact
 151 bioperl-l@bioperl.org.
 152
 153 To 'make install' you need write permission in the perl5/site_perl/source
 154 area. Usually this will require you becoming root, so you will want to
 155 talk to your systems manager if you don't have the necessary privileges.
 156
 157 It is also straightforward to install the package outside of the this
 158 standard Perl5 location. See INSTALLING BIOPERL IN A PERSONAL MODULE
 159 AREA, below.
 160
 161 WHERE ARE THE MAN PAGES?
 162
 163 We had to disable the automatic creation of man pages because this
 164 step was triggering a "line too long" error on some OSs due to shell
 165 constraints. If you'd like to try and create them comment out or delete
 166 the MY::manifypods subroutine in Makefile.PL before you issue the 'perl
 167 Makefile.PL' step.
 168
 169 EXTERNAL PROGRAMS
 170
 171 Bioperl can interface with some external programs for executing analyses.
 172 These include clustalw and t_coffee for Multiple Sequence Alignment
 173 (Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw and
 174 Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee) and blastall, blastpgp, and
 175 bl2seq for BLAST analyses (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast), and
 176 to all the programs in the EMBOSS suite (Bio::Factory::EMBOSS).
 177
 178     Environment Variables
 179
 180 Some modules which run external programs need certain environment
 181 variables set. If you do not have a local copy of the specific executable
 182 you do not need to set these variables. Additionally the modules will
 183 attempt to locate the specific applications in your runtime PATH variable.
 184 You may also need to set an environment variable to tell BioPerl about
 185 your network configuration if your site uses a firewall.
 186
 187 Setting environment variables on unix means adding lines like the
 188 following to your shell *rc file.
 189
 190    For bash or sh:
 191
 192  export BLASTDIR=/data1/blast
 193
 194    For csh or tcsh:
 195
 196  setenv BLASTDIR /data1/blast
 197
 198 Some environment variables include:
 199
 200 +------------------------------------------------------------------------+
 201 | Env. Variable |                      Description                       |
 202 |---------------+--------------------------------------------------------|
 203 |               |Specifies where the NCBI blastall, blastpgp, bl2seq,    |
 204 |BLASTDIR       |etc.. are located. A 'data' directory could also be     |
 205 |               |present in this directory as well, you could put your   |
 206 |               |blastable databases here.                               |
 207 |---------------+--------------------------------------------------------|
 208 |               |If one does not want to locate the data dir within the  |
 209 |BLASTDATADIR or|same dir as where the BLASTDIR variable points, a       |
 210 |BLASTDB        |BLASTDATADIR or BLASTDB variable can be set to point to |
 211 |               |a dir where BLAST database indexes are located.         |
 212 |---------------+--------------------------------------------------------|
 213 |BLASTMAT       |The directory containing the substitution matrices such |
 214 |               |as BLOSUM62.                                            |
 215 |---------------+--------------------------------------------------------|
 216 |CLUSTALDIR     |The directory where the clustalw executable is located. |
 217 |---------------+--------------------------------------------------------|
 218 |TCOFFEEDIR     |The directory where the t_coffee executable is located. |
 219 |---------------+--------------------------------------------------------|
 220 |               |If you access the internet via a proxy server then you  |
 221 |               |can tell the Bioperl modules which require network      |
 222 |               |access about this by using the http_proxy environment   |
 223 |http_proxy     |variable. The value set includes the proxy address and  |
 224 |               |the port, with optional username/password for           |
 225 |               |authentication purposes                                 |
 226 |               |(e.g. http://USERNAME:PASSWORD@proxy.example.com:8080). |
 227 +------------------------------------------------------------------------+
 228
 229 INSTALLING BIOPERL SCRIPTS
 230
 231 Bioperl comes with a set of production-quality scripts that are
 232 kept in the scripts/ directory. You can install these scripts if you'd
 233 like, simply answer the questions on 'make install'. The installation
 234 directory is specified by the INSTALLSCRIPT variable in the Makefile, the
 235 default location is /usr/bin. Installation will copy the scripts to the
 236 specified directory, change the 'PLS' suffix to 'pl', and prepend 'bp_' to
 237 all the script names if they aren't so named already.
 238
 239 INSTALLING BIOPERL IN A PERSONAL MODULE AREA
 240
 241 If you lack permission to install perl modules into the standard
 242 site_perl/ system area you can configure Bioperl to install itself
 243 anywhere you choose. Ideally this would be a personal perl directory or
 244 standard place where you plan to put all your 'local' or personal perl
 245 modules.
 246
 247 Simply pass a parameter to perl as it builds your system specific
 248 makefile.
 249
 250    Example:
 251
 252  >perl Makefile.PL  LIB=/home/users/dag/My_Local_Perl_Modules
 253  >make
 254  >make test
 255  >make install
 256
 257 This tells perl to install bioperl in the desired place, e.g.:
 258
 259    /home/users/dag/My_Local_Perl_Modules/Bio/Seq.pm
 260
 261 Then in your Bioperl script you would write:
 262
 263  use lib "/home/users/dag/My_Local_Perl_Modules";
 264  use Bio::Seq;
 265
 266 The man pages will probably be installed in $LIB/man. For more information
 267 on these sorts of custom installs see the documentation for
 268 ExtUtils::MakeMaker.
 269
 270 You can also use CPAN to install accessory modules in your local
 271 directory. First enter the CPAN shell, then set the arguments for the
 272 command "perl Makefile.PL", like this:
 273
 274  >perl -e shell -MCPAN
 275  cpan>o conf makepl_arg LIB=/home/users/dag/My_Local_Perl_Modules
 276
 277 INSTALLING BIOPERL MODULES THE HARD WAY
 278
 279 As a last resort, you can simply copy all files in Bio/ to any directory
 280 in which you have write privileges. This is generally NOT recommended
 281 since some modules may require special configuration (currently none do,
 282 but don't rely on this).
 283
 284 You will need to set "use lib '/path/to/my/bioperl/modules';" in your perl
 285 scripts so that you can access these modules if they are not installed in
 286 the standard site_perl/ location. See above for an example.
 287
 288 To get manpage documentation to work correctly you will have to
 289 configure man so that it looks in the proper directory. On most systems
 290 this will just involve adding an additional directory to your $MANPATH
 291 environment variable.
 292
 293 The installation of the Compile directory can be similarly redirected, but
 294 execute the make commands from the Compile/SW directory.
 295
 296 If all else fails or are unable to access the perl distribution
 297 directories, ask your system administrator to place the files there for
 298 you. You can always execute perl scripts in the same directory as the
 299 location of the modules (Bio/ in the distribution) since perl always
 300 checks the current working directory when looking for modules.
 301
 302 USING MODULES NOT INSTALLED IN THE STANDARD LOCATION
 303
 304 You can explicitly tell perl where to look for modules by using the
 305 Lib module which comes standard with perl.
 306
 307    Example:
 308
 309  #!/usr/bin/perl
 310  use lib "/home/users/dag/My_Local_Perl_Modules/";
 311  use Bio::Seq;
 312  #<...insert whizzy perl code here...>
 313
 314 Or, you can set the environmental variable PERL5LIB:
 315
 316    csh or tcsh:
 317
 318  setenv PERL5LIB /home/users/dag/My_Local_Perl_Modules/
 319
 320    bash or sh:
 321
 322  export PERL5LIB=/home/users/dag/My_Local_Perl_Modules/
 323
 324 THE TEST SYSTEM
 325
 326 The Bioperl test system is located in the t/ directory and is
 327 automatically run whenever you execute the 'make test' command.
 328 Alternatively if you want to investigate the behavior of a specific test
 329 such as the SeqIO test you would type:
 330
 331  >perl -I. -w t/SeqIO.t
 332
 333 The -I. tells Perl to use the current directory as the include path - this
 334 makes sure you are testing the modules in this directory not ones
 335 installed elsewhere in your PERL5LIB path. The -w tells Perl to print all
 336 warnings.
 337
 338 If you are trying to learn how to use a module, often the test suite is a
 339 good place to look. All good extreme programmers try and write a test
 340 BEFORE they write the module to insure that their module behaves the way
 341 they expect. You'll notice some 'ok' and 'skip' commands in a test, this
 342 is part of the Perl test suite that signifies a passed test with an 'ok
 343 N', where N is the test number. Alternatively you can tell Perl to skip
 344 tests. This is useful when, for example, your test detects that the
 345 network is not present and thus should skip, not fail, any tests that
 346 require a network connection.
 347
 348 BUILDING THE OPTIONAL bioperl-ext PACKAGE
 349
 350 The bioperl-ext package contains C code and XS extensions for
 351 various alignment and trace file modules (Bio::Tools::pSW for DNA
 352 Smith-Waterman, Bio::Tools::dpAlign for protein Smith-Waterman,
 353 Bio::SearchDist for EVD fitting of extreme value,
 354 Bio::SeqIO::staden).
 355
 356 This Installation works out-of-the box for all platforms except BSD
 357 and Solaris boxes. For other platforms skip this next paragraph.
 358
 359     CONFIGURING for BSD and Solaris boxes
 360
 361 You should add the line -fPIC to the CFLAGS line in
 362 Compile/SW/libs/makefile. This makes the compile generate position
 363 independent code, which is required for these architectures. In addition,
 364 on some Solaris boxes, the generated Makefile does not make the correct
 365 -fPIC/-fpic flags for the C compiler that is used. This requires manual
 366 editing of the generated Makefile to switch case. Try it out once, and if
 367 you get errors, try editing the -fpic line
 368
 369     INSTALLATION
 370
 371 Move to the directory bioperl-ext. This is available as a separate package
 372 released from ftp://bioperl.org/pub/bioperl/DIST. This is where the C
 373 code and XS extension for the bp_sw module is held and execute these
 374 commands: (possibly after making the change for BSD and Solaris, as
 375 detailed above)
 376
 377  perl Makefile.PL   # makes the system specific makefile
 378  make          # builds all the libaries
 379  make test     # runs a short test
 380  make install  # installs the package correctly.
 381
 382 This should install the compiled extension. The Bio::Tools::pSW
 383 module will work cleanly now.
 384
 385 DEPENDENCIES AND Bundle::BioPerl
 386
 387 The following packages are used by Bioperl. Not all are required for
 388 Bioperl to operate properly, however some functionality will be missing
 389 without them. You can easily install all of these, except srsperl.pm,
 390 using the Bundle::BioPerl CPAN bundle.
 391
 392 The DBD::mysql, DB_File and XML::Parser modules require other applications
 393 or databases: MySQL, Berkeley DB, and expat respectively.
 394
 395 +-----------------------------------------------------------------------------+
 396 |        Module        |    Where it is Used   |   Bio* Modules Affected      |
 397 |----------------------+-----------------------+------------------------------+
 398 |                      |GenPept                |                              |
 399 |HTTP::Request::Common |sequence retrieval,    |Bio::DB::*                    |
 400 |                      |remote http BLAST jobs |Bio::Tools::Run::RemoteBlast  |
 401 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 402 |                      |GenBank, GenPept       |                              |
 403 |LWP::UserAgent        |sequence retrieval,    |Bio::DB::*,                   |
 404 |                      |remote http BLAST jobs |Bio::Tools::Run::RemoteBlast  |
 405 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 406 |Ace [1]               |Access to AceDB        |Bio::DB::Ace                  |
 407 |                      |databases              |                              |
 408 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 409 |                      |                       |Bio::SeqIO, Bio::Variation::*,|
 410 |IO::String            |handle to read or      |Bio::DB::*, Bio::Index::Blast,|
 411 |                      |write to a string      |Bio::Tools::*, Bio::Biblio::IO|
 412 |                      |                       |Bio::Structure::IO            |
 413 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 414 |XML::Parser [2]       |Parsing of XML         |Bio::Biblio::IO::medlinexml   |
 415 |                      |documents              |                              |
 416 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 417 |XML::Writer           |Parsing + writing of   |Bio::SeqIO::game,             |
 418 |                      |XML documents          |Bio::Variation::*             |
 419 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 420 |XML::Parser::PerlSAX  |Parsing of XML         |Bio::SeqIO::game,             |
 421 |                      |documents              |Bio::Variation::*,            |
 422 |                      |                       |Bio::Biblio::IO::medlinexml   |
 423 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 424 |                      |Parsing of XML         |Bio::Variation::IO::xml,      |
 425 |XML::Twig             |documents              |Bio::DB::Biblio::eutils,      |
 426 |                      |                       |Bio::Graph::IO::psi_xml       |
 427 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 428 |File::Temp            |Temporary File         |Bio::DB::FileCache,           |
 429 |                      |creation               |Bio::DB::XEMBL                |
 430 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 431 |SOAP::Lite            |SOAP protocol,         |Bio::Biblio::*,               |
 432 |                      |XEMBL Services         |Bio::DB::XEMBLService         |
 433 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 434 |HTML::Parser          |HTML parsing of        |Bio::DB::GDB                  |
 435 |                      |GDB page               |                              |
 436 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 437 |                      |MySQL API for loading  |                              |
 438 |DBD::mysql [3]        |and querying of MySQL- |Bio::DB::GFF, bioperl-db      |
 439 |                      |based GFF feature      |bioperl-pipeline              |
 440 |                      |and BioSQL databases   |                              |
 441 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 442 |GD [4][5]             |GD graphical drawing   |Bio::Graphics                 |
 443 |                      |library                |                              |
 444 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 445 |Storable              |Persistent object      |Bio::DB::FileCache            |
 446 |                      |storage & retrieval    |                              |
 447 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 448 |Text::Shellwords      |Text parser            |Bio::Graphics::FeatureFile    |
 449 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 450 |XML::DOM              |XML parser             |Bio::SeqIO::bsml,             |
 451 |                      |                       |Bio::SeqIO::interpro          |
 452 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 453 |                      |Perl access to         |Bio::DB::Flat, Bio::DB::Fasta,|
 454 |DB_File [6]           |Berkeley DB            |Bio::SeqFeature::Collection,  |
 455 |                      |                       |Bio::Index::*                 |
 456 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 457 |Graph::Directed       |Generic graph data and |Bio::Ontology::               |
 458 |                      |algorithms             |     SimpleOntologyEngine     |
 459 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 460 |Data::Stag::          |Structured Tags,       |Bio::SeqIO::chadoitext [7]    |
 461 |    ITextWriter       |datastructures         |                              |
 462 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 463 |Data::Stag::          |Structured Tags,       |Bio::SeqIO::chadosxpr [7]     |
 464 |    SxprWriter        |datastructures         |                              |
 465 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 466 |Data::Stag::XMLWriter |Structured Tags,       |Bio::SeqIO::chadoxml          |
 467 |                      |datastructures         |                              |
 468 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 469 |Text::Wrap            |Very optional          |Bio::SearchIO::Writer::       |
 470 |                      |                       |      TextResultWriter        |
 471 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 472 |HTML::Entities        |Parse BLAST results in |Bio::SearchIO::blastxml       |
 473 |                      |XML                    |                              |
 474 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 475 |Class::AutoClass [8]  |Used to create objects |Bio::Graph::SimpleGraph*      |
 476 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 477 |Clone                 |Used to clone objects  |Bio::Graph::ProteinGraph      |
 478 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 479 |                      |                       |Bio::SeqIO::bsml_sax,         |
 480 |XML::SAX              |New style SAX parser   |Bio::SeqIO::tigrxml,          |
 481 |                      |                       |Bio::SearchIO::blastxml       |
 482 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 483 |XML::SAX::Base        |New style SAX parser   |Bio::SeqIO::tigrxml           |
 484 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 485 |XML::SAX::Writer      |                       |                              |
 486 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 487 |XML::SAX::ExpatXS     |New style SAX parser   |Bio::SearchIO::blastxml       |
 488 |[2][9]                |                       |                              |
 489 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 490 |XML::Simple [2]       |Simple XML parsing     |Bio::DB::EUtilities           |
 491 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 492 |Convert::Binary::C    |Parsing of DNA strider |Bio::SeqIO::strider           |
 493 |                      |documents              |                              |
 494 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 495 |Spreadsheet::         |Read Microsoft Excel   |Bio::SeqIO::excel             |
 496 |    ParseExcel        |files                  |                              |
 497 |----------------------+-----------------------+------------------------------|
 498 |Bio::ASN1::EntrezGene |Parses ASN1 format     |Bio::SeqIO::entrezgene,       |
 499 |                      |                       |Bio::DB::EntrezGene           |
 500 +-----------------------------------------------------------------------------+
 501
 502 Notes
 503
 504     1. Available at http://stein.cshl.org
 505     2. Requires expat, at http://sourceforge.net/projects/expat/
 506     3. Requires MySQL, from http://www.mysql.org
 507     4. Requires GD library (libgd) from http://www.boutell.com/gd
 508     5. Installing the GD library - libgd - is somewhat non-trivial since
 509        there are a number of dependencies to consider. Matias Giovannini has
 510        posted an excellent walkthrough for Mac OS X 10.4.
 511     6. Requires Berkeley DB, from Linux RPM or from
 512        http://www.sleepycat.com
 513     7. These modules may be present in older distributions but are considered
 514        redundant; use Bio::SeqIO::chadoxml instead.
 515     8. Bio::Graph::SimpleGraph requires Class::AutoClass v. 1.01;
 516        earlier versions give very different results.
 517     9. This module is optional but recommended for speeding up parsing over
 518        the default XML::SAX::PurePerl. If installed, XML::SAX::Expat currently
 519        does not work correctly due to DTD problems.
 520
 521