Correct pdb2gmx -missing option
commitdca29f686049d3bc0cadc6d07f6d6bb489b87e98
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Wed, 7 Mar 2018 12:48:42 +0000 (7 13:48 +0100)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Fri, 9 Mar 2018 16:47:11 +0000 (9 17:47 +0100)
tree7d16a996d87090990a29763eccc2b38daa28b11b
parenta9cb8eac8b0f783edc0f991f459a6ac172579a03
Correct pdb2gmx -missing option

The help text for the pdb2gmx -missing option only mentioned
missing atoms, but when atoms are missing also bonded interactions
will be missing. Now bonds are mentioned in the help text.
Since -missing allows for missing bonds, it now also allows for
dangling bonds at termini (which can actually be useful in special
cases).

Change-Id: I8d7215691ffc7dbb49f41964af9639c01355d775
src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.h