Clean up gmx_mdrun()
commitcbcf99698e32dcd78205e0f2af9107784930eda0
authorMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Tue, 11 Jul 2017 13:34:54 +0000 (11 15:34 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Thu, 13 Jul 2017 19:27:52 +0000 (13 21:27 +0200)
tree3f6f83cb6ea438acda67d65a6acea073de0711df
parent7f3b42b29473072a5529743d08158106088386ef
Clean up gmx_mdrun()

NFILE is inconsistent with usage in the rest of mdrun, changed to
nfile.

Removed outdated comment.

Changed several variable names to *_choices, because in two cases the
actual selection gets passed to runner() as a pointer to the updated
first element of the choices (which is organized by
parse_common_args()). It's easier to understand that the variables
have different roles in the two places if they have different names.

Renamed nstlist and nsteps to the same with the _cmdline suffix that
is used in mdrunner().

Change-Id: Id99fa26b7ab38cd67de8f259c612179ad7f1e992
src/programs/mdrun/mdrun.cpp